| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1747135 | 174 (0.850) | 24 (0.140) | 12/132 | NT | 13.7% | intergenic (‑169/+34) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1747146 | 159 (0.950) | intergenic (‑180/+23) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 | |||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
ACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTTGTG > USA300TCH1516_ALE/1747045‑1747225 | tttAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAAct < 1:1829326/91‑1 (MQ=255) tAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAActct > 2:2008058/1‑91 (MQ=255) tAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAActct < 2:3203673/91‑1 (MQ=255) aaTTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAAacaat < 1:3790672‑M1/91‑6 (MQ=255) aaTTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCtt > 1:230477/1‑91 (MQ=255) aaTTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCtt < 1:188586/91‑1 (MQ=255) 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agggaACTTATTTATATATATTTTGTAAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAAacaataaagagttcacataccgctttttactt < 2:1910947‑M1/90‑33 (MQ=255) gAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAAacaataaagagttcacataccgctttttactttat < 2:1303093‑M1/91‑36 (MQ=255) gAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCAtttt < 2:1748467/91‑1 (MQ=255) gAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCAtttt < 1:2893187/91‑1 (MQ=255) aaCTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTa < 1:478015/91‑1 (MQ=255) ttatttatATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAAc < 1:3879236/91‑1 (MQ=255) tatttatATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACt < 1:1844042/91‑1 (MQ=255) tatttatATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACt < 1:2132721/91‑1 (MQ=255) atttatATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTa > 2:146569/1‑91 (MQ=255) ttatATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTaaa < 1:1693388/91‑1 (MQ=255) tatatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCtt > 2:3059523/1‑91 (MQ=255) atatTTTGTTAAATTTAGATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCttt < 1:3385237/91‑1 (MQ=255) atatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTAATGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCttt < 2:2773257/91‑1 (MQ=255) tatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCtttt > 2:3702123/1‑91 (MQ=255) tatTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCtttt > 1:3140510/1‑91 (MQ=255) atTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCCCATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTc > 1:2983569/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |