New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1755666 | 150 (0.740) | 17 (0.090) | 9/142 | NT | 11.1% | intergenic (‑63/+292) | obg/rpmA | GTPase Obg/50S ribosomal protein L27 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1755684 | 140 (0.780) | intergenic (‑81/+274) | obg/rpmA | GTPase Obg/50S ribosomal protein L27 |
GGCTTTAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1755568‑1755666 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agagcccctAATTATTTACAATATATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATATGTTTGTC < USA300TCH1516_ALE/1755684‑1755595 GGCTTTAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTA < 1:2082974/91‑1 GGCTTTAAGAGATACTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTA < 2:3102993/91‑1 GCTTTAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAG > 2:3629294/1‑91 GCTTTAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAG > 2:2756803/1‑91 GCTTTAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAG > 2:2653029/1‑91 GCTTTAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAG < 1:3316100/91‑1 GCTTTAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAG > 1:2944105/1‑91 CTTTAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGA < 1:3716587/91‑1 CTTTAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGA < 1:3716208/91‑1 TTTAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAG > 1:133066/1‑91 TTTAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAG < 2:2295573/91‑1 TTAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGC > 1:1821553/1‑91 TAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCC < 1:1239250/91‑1 TAAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCC < 1:454150/91‑1 TAAGAGATATTTTGACTAGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCC < 2:790763/91‑1 AAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCC > 1:2429840/1‑91 AAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCC > 1:2429818/1‑91 AAGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCC > 2:1198843/1‑91 AGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCC > 1:2013000/1‑91 AGAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCC < 2:2716746/91‑1 GAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCT < 2:3709662/91‑1 GAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCT < 2:2935352/91‑1 GAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCT < 2:2093125/91‑1 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CCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATAAGAGCCCCTAATTATTTACAATATATAAGGGGCTCTAATATGCTA < 2:1432677/91‑1 AGAGCCCCTAATTATTTACAATATATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATA < 1:2741299/91‑1 GAGCCCCTAATTATTTACAATATATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATAT < 1:2147996/91‑1 GAGCCCCTAATTATTTACAATATATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATAT > 1:3661129/1‑91 GAGCCCCTAATTATTTACAATATATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATAT > 2:2074926/1‑91 AGCCCCTAATTATTTACAATATATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATATG < 2:2196141/91‑1 AGCCCCTAATTATTTACAATATATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATATG > 1:1608623/1‑91 AGCCCCTAATTATTTACAATATATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATATG > 1:3548086/1‑91 AGCCCCTAATTATTTACAATATATAAGGGGCTCTAATATGCTATAATTATTGGGAAAATGAAAATTATATGTAAAAGAGGTGAGATATATG > 1:3571235/1‑91 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |