| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1755666 | 150 (0.740) | 17 (0.090) | 9/142 | NT | 11.1% | intergenic (‑63/+292) | obg/rpmA | GTPase Obg/50S ribosomal protein L27 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1755684 | 140 (0.780) | intergenic (‑81/+274) | obg/rpmA | GTPase Obg/50S ribosomal protein L27 | |||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
GAGATATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGT > USA300TCH1516_ALE/1755576‑1755756 | gagaTATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCT < 2:2935352‑M1/91‑1 (MQ=255)gagaTATTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCT > 2:2108258‑M1/1‑91 (MQ=255)cgtttaaagaataaactgtaccacaattggtgctgagaaatataagtattttaaagcaaagatttataaaagtaactgcataAGAGCCCCt > 2:2416325‑M1/83‑91 (MQ=255)cgtttaaagaataaactgtaccacaattggtgctgagaaatataagtattttaaagcaaagatttataaaagtaactgcataAGAGCCCCt > 1:2451159‑M1/83‑91 (MQ=255) tatTTTGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTtata > 1:632676/1‑91 (MQ=255) ttttGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTtatata > 2:542980/1‑91 (MQ=255) ttttGACTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTtatata > 2:187819/1‑91 (MQ=255) tttGACTTGATCGACAAACATATATATCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTatatat < 1:3681242/91‑1 (MQ=255) ttGACTTGATAGACAAACATATATCTCACCTCTTTGACATGTGATTTTCATTTTCCGAATAGTGATAGCGTGGTAGAGCGCCTtatatact < 2:698962/91‑3 (MQ=255) aCTTGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTa > 1:1078666/1‑91 (MQ=255) aaactgtaccacaattggtgctgagaaatataagtattttaaagcaaagatttataaaagtaactgcataAGAGCCCCTTATATATTGTaa > 2:1690533‑M1/71‑91 (MQ=255) tGATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAaat < 1:889709/91‑1 (MQ=255) gATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTaattatttacaatat < 1:496212‑M1/91‑16 (MQ=255) gATCGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATAAGAGCCCCTaattatttacaatat < 1:2723390‑M1/91‑16 (MQ=255) 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aaaCATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTaggg < 1:1682279‑M2/91‑5 (MQ=255) aaaCATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTaggg > 2:3833669‑M2/1‑87 (MQ=255) cATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTaggggct > 1:1608623‑M2/1‑84 (MQ=255) atatatCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTaggggctc < 1:2147996‑M2/91‑9 (MQ=255) atatCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCtt > 1:275186/1‑91 (MQ=255) atatCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCtt > 2:3346493/1‑91 (MQ=255) atagCTCACCTCTTTTACATATTATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTTTAAATAATTAGGGGCTCtt > 1:179571/1‑91 (MQ=255) tatCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTa > 2:3160169/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |