| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1755666 | 150 (0.740) | 17 (0.090) | 9/142 | NT | 11.1% | intergenic (‑63/+292) | obg/rpmA | GTPase Obg/50S ribosomal protein L27 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1755684 | 140 (0.780) | intergenic (‑81/+274) | obg/rpmA | GTPase Obg/50S ribosomal protein L27 | |||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
CGACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAGGGGCTCTTATGCAGTTACTTTTATAAATCTTTGCTTTAAAATACTTATATTTCTCAGCACCAATTGTGGTACAGTTTATTCTTTAAAC > USA300TCH1516_ALE/1755594‑1755774 | gACAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTa > 2:1332500‑M2/1‑90 (MQ=255) accacaattggtgctgagaaatataagtattttaaagcaaagatttataaaagtaactgcataAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTa > 2:1800020‑M1/64‑91 (MQ=255) ccacaattggtgctgagaaatataagtattttaaagcaaagatttataaaagtaactgcataAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAg > 1:3552625‑M1/63‑91 (MQ=255) aCAAACATATATCTCACCTCTTTTACATATAATTTTCATTTTCCCAATAATTATAGCATATTAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTag > 2:2710198‑M2/1‑89 (MQ=255) cacaattggtgctgagaaatataagtattttaaagcaaagatttataaaagtaactgcataAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAgg > 1:1905787‑M1/62‑91 (MQ=255) cacaattggtgctgagaaatataagtattttaaagcaaagatttataaaagtaactgcataAGAGCCCCTTATATATTGTAAATAATTAgg > 1:1906016‑M1/62‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |