| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1775185 = | 146 (0.720) | 16 (0.090) | 7/142 | NT | 10.4% | intergenic (‑78/+76) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1775239 = | 146 (0.810) | intergenic (‑132/+22) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX | |||||
ATAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1775283‑1775185‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTT > USA300TCH1516_ALE/1775239‑1775328 ATAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCG > 2:330520/1‑91ATAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCG < 2:2914535/91‑1 TAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGG < 1:1470776/91‑1 TAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGG < 1:1777555/91‑1 TAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGG < 1:2224413/91‑1 aAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAGAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGTCGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGC < 2:1303627/90‑1 AGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCT < 2:124241/91‑1 AGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCT > 1:2616159/1‑91 AGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCT > 2:1597422/1‑91 AGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCT > 2:1597600/1‑91 AGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCT > 1:3088323/1‑91 tTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTT < 2:3929742/90‑1 cTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTT < 2:3930714/90‑1 GTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTT < 2:3446761/91‑1 GTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGATCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTT > 2:6444/1‑91 TAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTT < 1:2972794/91‑1 TAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTT < 2:1310088/91‑1 TAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTT > 2:2677471/1‑91 TAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTT > 1:2332640/1‑91 AAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTT > 1:302162/1‑91 AAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTT < 2:1902563/91‑1 GCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTA > 2:639932/1‑91 GCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTA > 2:639931/1‑91 TCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATT > 1:3711955/1‑91 TCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATT > 1:3711450/1‑91 CAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTAT > 1:2684247/1‑91 CAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTAT > 1:2684222/1‑91 CAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTAT > 1:448122/1‑91 CAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTAT > 1:728547/1‑91 AATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATT > 2:811890/1‑91 AATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATT > 2:811891/1‑91 AATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATT > 2:811907/1‑91 AAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTA > 2:2917802/1‑91 AAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTA > 2:595838/1‑91 AAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTA > 1:2440047/1‑91 AGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAA > 1:1657724/1‑91 GTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAA > 1:2097919/1‑91 GGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTC < 2:1891900/91‑1 GGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTC < 2:3400862/91‑1 AGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTTCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAG < 2:1305914/91‑1 AGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAG < 1:958937/91‑1 AGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAG < 1:325199/91‑1 AGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAG > 1:3345480/1‑91 AGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAG > 2:51383/1‑91 AGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAG > 1:341338/1‑91 CTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTT > 2:52298/1‑91 TTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTC > 2:859442/1‑91 TTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTC > 2:907382/1‑91 TTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTC > 1:3426566/1‑91 TTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTCTTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCT > 1:1856985/1‑91 TTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCT < 2:219849/91‑1 TTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCT < 1:643269/91‑1 TCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTT > 1:369252/1‑91 TCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTT > 1:1323910/1‑91 TCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTT > 1:1323870/1‑91 ATAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1775283‑1775185‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTT > USA300TCH1516_ALE/1775239‑1775328 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |