New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1775185 = | 146 (0.720) | 16 (0.090) | 7/142 | NT | 10.4% | intergenic (‑78/+76) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
? | USA300TCH1516_ALE | 1775239 = | 146 (0.810) | intergenic (‑132/+22) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
TTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTTC > USA300TCH1516_ALE/1775149‑1775329 | ttATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTc > 2:177082/1‑91 (MQ=255) ttATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTc < 1:183330/91‑1 (MQ=255) ttATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTc < 1:3725073/91‑1 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 2:260054/91‑1 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 2:2018157/91‑1 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa > 1:3570944/1‑91 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 1:3696231/91‑1 (MQ=255) atataATATTTGAACCTTTCGGTACACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCAc < 1:1673093/91‑1 (MQ=255) tataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACt < 1:3067300/91‑1 (MQ=255) ataataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACtt < 2:2677691/91‑1 (MQ=255) ataataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACtt > 2:3938333/1‑91 (MQ=255) taataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACttt < 1:2916035/91‑1 (MQ=255) tatTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTtat < 2:1842498/91‑1 (MQ=255) atTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTtata > 1:994744/1‑91 (MQ=255) 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tCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATg < 2:2322185/91‑1 (MQ=255) gTATACATTATAAAAAAGCTCCGAGCAAAGTTAAACTATTTGAGCTTCAACTTTGATTGGAGCTTTTAACTTTTATAACACATCAATGAta > 2:733956/1‑90 (MQ=255) ataCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTaa < 1:2822216/91‑1 (MQ=255) ataCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTaa < 1:865839/91‑1 (MQ=255) ataCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTaa > 2:1342661/1‑91 (MQ=255) ttATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGa < 1:3231313/91‑1 (MQ=255) tataAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGAt > 1:174993/1‑91 (MQ=255) ataAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATg > 1:791672/1‑91 (MQ=255) taAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGt > 1:2255437/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGtt < 2:2841704/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTGTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGttt > 1:2560644/1‑91 (MQ=255) AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGtttt < 2:1902563‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTtaa < 2:3929742‑M1/91‑2 (MQ=255) gctccaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACta > 2:639932‑M2/51‑91 (MQ=255) GCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGACAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTCTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTActt < 2:1303627‑M1/91‑2 (MQ=255) caatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtattat > 1:2684222‑M2/47‑91 (MQ=255) caatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtattat > 1:448122‑M2/47‑91 (MQ=255) caatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtattat > 1:728547‑M2/47‑91 (MQ=255) CGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtattat > 2:330520‑M1/1‑91 (MQ=255) CGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtattat < 2:2914535‑M1/91‑1 (MQ=255) gATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt < 2:2588134/91‑1 (MQ=255) gATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt < 1:2628413/91‑1 (MQ=255) gATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt > 1:2747813/1‑91 (MQ=255) aatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt > 2:811891‑M2/46‑91 (MQ=255) tCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTattaa < 1:210647/91‑1 (MQ=255) tCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACGTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAGCACATCAATGATTAAGCGGATGGTTTACTATTattaa < 2:1663884/91‑1 (MQ=255) cAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGCTTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTattaat > 1:3094963/1‑91 (MQ=255) aaaGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTGTAACACATCGATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTattaatt < 2:1136222/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTattaatt > 1:3550205/1‑91 (MQ=255) agttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTAttaattaa > 1:1657724‑M2/40‑91 (MQ=255) ttAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAAt < 1:207648/91‑1 (MQ=255) aaaCTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTg > 1:2773155/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |