| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1775185 = | 146 (0.720) | 16 (0.090) | 7/142 | NT | 10.4% | intergenic (‑78/+76) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1775239 = | 146 (0.810) | intergenic (‑132/+22) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX | |||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
GATTAACTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTT > USA300TCH1516_ALE/1775095‑1775275 | ttAACTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAA > 1:2677997‑M1/1‑91 (MQ=255) ttAACTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAA < 2:2986497‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAACTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAA < 2:351847‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAACTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAA < 1:562023‑M1/91‑1 (MQ=255) aagaaactgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtga > 1:1323870‑M1/91‑91 (MQ=255) aagaaactgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtga > 1:369252‑M1/91‑91 (MQ=255) aCTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGC > 2:2628413‑M1/1‑91 (MQ=255) aCTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGC > 2:444499‑M1/1‑91 (MQ=255) aCTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGC < 2:2081079‑M1/91‑1 (MQ=255) aCTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTGTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGC > 2:3179248‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCT < 1:2032533‑M1/91‑1 (MQ=255) agaaactgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgaa < 1:643269‑M1/2‑1 (MQ=255) gaaactgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgaaa > 2:859442‑M1/89‑91 (MQ=255) ttCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCGATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCC < 2:3109690‑M1/91‑1 (MQ=255) ttCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCC > 2:160404‑M1/1‑91 (MQ=255) tCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCg < 2:2252895/91‑1 (MQ=255) aactgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAg > 2:52298‑M1/87‑91 (MQ=255) ctgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCt < 1:958937‑M1/7‑1 (MQ=255) ctgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCt < 1:325199‑M1/7‑1 (MQ=255) ctgaaccagaactatacgacgcagaaggaaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCt < 2:1305914‑M1/7‑1 (MQ=255) ttttATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATc < 1:1239620/91‑1 (MQ=255) ttttATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATc < 1:1060218/91‑1 (MQ=255) tttATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCa < 2:3354939/91‑1 (MQ=255) tttATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCa < 2:2187538/91‑1 (MQ=255) tataTCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCaaa > 2:3487962/1‑91 (MQ=255) atatCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAg > 2:1017729/1‑91 (MQ=255) atatCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAg > 2:2397692/1‑91 (MQ=255) atatCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAg > 2:1815977/1‑91 (MQ=255) atatCCTCACTTTTTTATATTCTCTGTCAGTTCTACCATGATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACAGTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAg < 2:3728016/91‑1 (MQ=255) tCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTa > 2:3463473/1‑91 (MQ=255) cTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTaaa < 1:2221995/91‑1 (MQ=255) tCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTGAAAc < 1:3125680/91‑1 (MQ=255) cACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACt > 2:2524937/1‑91 (MQ=255) aCTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTa > 1:1594145/1‑91 (MQ=255) ttttttATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAATCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTAtt < 1:23099/91‑1 (MQ=255) ttttttATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTAtt > 1:3935660/1‑91 (MQ=255) tttttATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTAttt > 1:339279/1‑91 (MQ=255) ttATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAg < 1:1505523/91‑1 (MQ=255) tataTTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGc > 2:2015241/1‑91 (MQ=255) atatTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCg < 1:2577547/91‑1 (MQ=255) tatTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGt > 1:1708471/1‑91 (MQ=255) atTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTc < 2:3769114/91‑1 (MQ=255) atTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTc < 2:109055/91‑1 (MQ=255) ttCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCa > 1:2895350/1‑91 (MQ=255) tctcTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGTTCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCaa < 2:3279966/91‑1 (MQ=255) tctTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACt < 2:3399033/91‑1 (MQ=255) ctTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactt < 1:3823173‑M1/91‑32 (MQ=255) ctTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACtt < 1:2874955/91‑1 (MQ=255) tttCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACttt > 2:3629478/1‑91 (MQ=255) ttCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTg > 1:434923/1‑91 (MQ=255) tttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCAATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAAc > 1:2097919‑M1/54‑91 (MQ=255) tCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGa < 2:3919961/91‑1 (MQ=255) cAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgat < 1:1129247‑M1/91‑36 (MQ=255) aaTTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGAtt > 2:931341/1‑91 (MQ=255) aTTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg < 1:3722108‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg < 2:1969197‑M2/91‑2 (MQ=255) ttCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTgg > 1:786630‑M2/1‑89 (MQ=255) tCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAGTGAAAAGCTCCaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttga < 1:2932314‑M1/91‑35 (MQ=255) tCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTgga < 1:2183997‑M2/91‑4 (MQ=255) cTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATCA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAACGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggag < 2:575084‑M2/91‑5 (MQ=255) tACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagc < 2:2879895‑M1/91‑42 (MQ=255) tACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagc < 1:1446456‑M2/91‑6 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aTTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagctttt < 2:1113044‑M2/91‑10 (MQ=255) tagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGc > 2:639932‑M1/42‑91 (MQ=255) atataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTggagctttacac < 1:3555172‑M2/91‑13 (MQ=255) atataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCAc < 1:1673092/91‑1 (MQ=255) tataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACt < 1:3068241/91‑1 (MQ=255) aataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACtttt < 1:2857389/91‑1 (MQ=255) atatTTGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTta > 1:256002/1‑91 (MQ=255) tttGAACCTTTCGGTATACATTATAA‑‑‑‑‑AAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATaa < 1:3467417/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |