| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1836947 | 134 (0.660) | 22 (0.130) | 12/132 | NT | 16.5% | intergenic (+31/+119) | serA/gph_2 | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/Phosphoglycolate phosphatase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1836967 | 112 (0.670) | intergenic (+51/+99) | serA/gph_2 | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/Phosphoglycolate phosphatase | |||||
ATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1836845‑1836947‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaatgccaagaag‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTGAT < USA300TCH1516_ALE/1836967‑1836879 ATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAA > 1:2381326/1‑91ATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAA > 2:352577/1‑91 TAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAA < 2:2066141/91‑1 TAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAA < 2:2067446/91‑1 AATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAA > 1:2622843/1‑91 AATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAA > 1:2622735/1‑91 ATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAAT > 2:1914117/1‑91 TTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATG < 1:1536050/91‑1 GATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCC > 1:498136/1‑91 GATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCC > 1:3492653/1‑91 ATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCA > 2:1428899/1‑91 ATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCA < 1:1723623/91‑1 ATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCA < 1:2609722/91‑1 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGCATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA > 2:86498/1‑91 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA > 2:1191545/1‑91 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA > 1:2697313/1‑91 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA < 1:3808903/91‑1 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA < 1:3697600/91‑1 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA > 2:85813/1‑91 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA > 2:2732718/1‑91 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA < 1:184076/91‑1 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA > 1:3313481/1‑91 GAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAG < 1:2221901/91‑1 GAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAG < 2:108279/91‑1 ACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATCAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAA > 1:1548024/1‑91 ACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAA < 1:186890/91‑1 ACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAA > 2:1937055/1‑91 ACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAA > 2:2031876/1‑91 ACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAA > 1:2160260/1‑91 ACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAA > 2:3372479/1‑91 CTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG < 1:1259132/91‑1 CTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG < 2:2551871/91‑1 ATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAA < 2:1635813/91‑1 gCAATCAAAGTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCGAGGAG‑CAATGGAAGTAATCCAATG < 2:1750617/90‑1 ACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACAATGGAAGTAATCCAAT < 2:3457814/91‑1 ACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACAATGGAAGTAATCCAAT < 2:3458084/91‑1 ACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATG < 1:1653658/91‑1 ACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATG < 1:2105212/91‑1 CAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGT < 1:708973/91‑1 CAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGT < 2:530208/91‑1 CAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGT < 2:530099/91‑1 AATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTC < 1:1147097/91‑1 ATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCT < 2:1017809/91‑1 CAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTC < 1:794089/91‑1 AAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACCGTCATAAACAATTGATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCT < 1:3610823/91‑1 AAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCT < 1:475726/91‑1 AAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCT < 1:1843944/91‑1 AATTTTCACGACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTT < 1:3784867/91‑1 TTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGG < 2:2937293/91‑1 TTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGC < 2:2114729/91‑1 CATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTAT < 1:1992370/91‑1 CATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTAT < 1:1991904/91‑1 CATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTAT < 1:1991519/91‑1 CATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTAT < 1:1991530/91‑1 AAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTG > 1:1991085/1‑91 AAAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGGTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTG > 2:334888/1‑91 AAATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTATATACATTGATTATGACTGTACGGTCAATTCAGTTGT > 2:2401509/1‑91 AATGCCAAGAAT‑CAATGAAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACAGAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG < 2:1062023/91‑1 AATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG < 2:2107166/91‑1 AATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG < 1:417911/91‑1 AATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG < 2:2107280/91‑1 AATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG > 1:3259680/1‑91 AATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG < 2:1571901/91‑1 ATGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGA < 2:1657115/91‑1 TGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAA > 1:2799036/1‑91 TGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAA > 2:3941815/1‑91 TGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAA < 2:2161816/91‑1 TGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAA > 2:194319/1‑91 TGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAA > 1:2160880/1‑91 TGCCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAA < 2:3385726/91‑1 CCAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAA > 1:1251884/1‑91 CAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAAT > 1:2621823/1‑91 CAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAAT > 1:3743010/1‑91 CAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAAT > 1:3250224/1‑91 CAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAAT > 1:3250435/1‑91 CAAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAAT < 2:1790013/91‑1 AAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATT > 2:3805134/1‑91 AAGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTCGTGAAAATT > 2:1183048/1‑91 AGAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTT > 2:2848448/1‑91 GAAG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTG < 2:326769/91‑1 AG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTGAT < 2:2099444/91‑1 AG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTGAT < 1:3316988/91‑1 AG‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTGAT < 1:1058979/91‑1 ATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1836845‑1836947‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaatgccaagaag‑CAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTTGAT < USA300TCH1516_ALE/1836967‑1836879 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |