| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1838254 = | 172 (0.840) | 21 (0.120) | 10/140 | NT | 12.4% | intergenic (‑58/+49) | gph_2/nagE | Phosphoglycolate phosphatase/PTS system N‑acetylglucosamine‑specific EIICBA component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1838290 = | 147 (0.830) | intergenic (‑94/+13) | gph_2/nagE | Phosphoglycolate phosphatase/PTS system N‑acetylglucosamine‑specific EIICBA component | |||||
GTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1838353‑1838254‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttgcgctttAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCAT > USA300TCH1516_ALE/1838290‑1838379 GTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGT < 2:546187/91‑1GTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGT < 1:962489/91‑1 TCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTT > 2:5792/1‑91 TCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTT < 1:598820/91‑1 TCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTT > 2:2937161/1‑91 TCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTT > 2:2678131/1‑91 CGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTT < 1:710876/91‑1 CGGTACACACGTACAGCAGGTTGCGGATGAAATAGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCGAAGCTAACTTCAATAGGGTTg > 2:1695001/1‑90 GGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTG < 2:959237/91‑1 GGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTG > 1:3944842/1‑91 GGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTG < 1:546586/91‑1 GGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTG < 1:546604/91‑1 GGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTG > 1:246685/1‑91 GGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTG < 2:2211379/91‑1 GGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTG > 2:3534039/1‑91 GGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTG < 2:3960461/91‑1 GGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTG < 2:958415/91‑1 GTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGC > 2:1704467/1‑91 GTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGC < 2:1986495/91‑1 GTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGC < 1:56963/91‑1 GTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAAATTCAATAGGGTTTGC > 2:1704379/1‑91 TACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCG < 2:1594562/91‑1 ACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGC < 2:740557/91‑1 ACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGC > 1:11741/1‑91 ACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGC > 1:1360758/1‑91 ACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGC < 1:2032857/91‑1 CACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAGATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCT > 2:1377887/1‑91 CACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCT < 1:1114267/91‑1 CACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCT < 1:1191110/91‑1 CACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCT < 1:1191121/91‑1 ACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTT < 2:3220570/91‑1 ACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTT < 1:2798667/91‑1 ACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTT < 1:2798899/91‑1 CACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTTc > 2:3926653/1‑90 CACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTTT > 2:1922014/1‑91 AAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAA > 1:578917/1‑91 AAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAA > 1:1489996/1‑91 AAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGC > 1:146201/1‑91 AAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGC > 1:146538/1‑91 AAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTCTATAAATGGTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGT > 2:3320966/1‑91 GCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTAC > 1:389849/1‑91 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CTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACATGCTGTACGTGTGTACCGACAA > 2:3185556/1‑91 TAACTTCAATAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAAT > 1:1641706/1‑91 AACTTCAATAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATA > 1:3720322/1‑91 AACTTCAATAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATA > 2:236485/1‑91 AACTTCAATAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTCATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTTCCGCCAATA > 1:3344424/1‑91 CAATAGGGTTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTG > 1:3702125/1‑91 TTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAAT < 1:3865220/91‑1 TTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAAT > 1:3899809/1‑91 TTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATG > 1:2871750/1‑91 TTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATG > 2:476841/1‑91 TGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGT < 1:495905/91‑1 GCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTT < 1:1516926/91‑1 GCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTT < 1:2553783/91‑1 GCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTT < 1:866010/91‑1 GCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTT < 1:863707/91‑1 GCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTATGTACCGACGATAACTTGAGTTGAATGTT < 2:3449296/91‑1 CGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTT > 2:2173059/1‑91 CGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTT < 1:71845/91‑1 CGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTT < 1:3127533/91‑1 GCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTG > 1:68033/1‑91 TTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCC < 1:1574148/91‑1 TTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCA < 2:2867970/91‑1 TTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCA < 2:2357686/91‑1 TAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCAT < 2:1314698/91‑1 TAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCAT < 2:867911/91‑1 TAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCAT < 2:868127/91‑1 TAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCAT < 1:1678887/91‑1 GTCGGTACACACGTACAGCAGGTTGCTGATGAAATTGAAAAACATTTATAAAATTTAAACAGCTAAAGCGCAAATCTAACTTCAATAGGGTTTGCGCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1838353‑1838254‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tttgcgctttAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCAT > USA300TCH1516_ALE/1838290‑1838379 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |