| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1838254 = | 172 (0.840) | 21 (0.120) | 10/140 | NT | 12.4% | intergenic (‑58/+49) | gph_2/nagE | Phosphoglycolate phosphatase/PTS system N‑acetylglucosamine‑specific EIICBA component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1838290 = | 147 (0.830) | intergenic (‑94/+13) | gph_2/nagE | Phosphoglycolate phosphatase/PTS system N‑acetylglucosamine‑specific EIICBA component | |||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CCCCACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCAACCTGCTGTACGTGTGTACCGACAATAACTTGAGTTGAATGTTTGCCATT > USA300TCH1516_ALE/1838200‑1838380 | ccccACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCAGTCTACTATTTGCCTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTa > 1:3726786/1‑91 (MQ=255) cccTCTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCTCTTTAg < 1:3068726/91‑1 (MQ=255) ccACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGc > 1:793285/1‑91 (MQ=255) ccACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGc > 2:3138975/1‑91 (MQ=255) cACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCt < 2:2673493/91‑1 (MQ=255) cACTCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCt > 2:1966157/1‑91 (MQ=255) tCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGtt < 1:2895638/91‑1 (MQ=255) tCCATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGtt < 1:3601663/91‑1 (MQ=255) gcaggttgctgatgaaattgaaaaacatttataaaatttaaacagctAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGttt > 1:146201‑M1/48‑91 (MQ=255) gcaggttgctgatgaaattgaaaaacatttataaaatttaaacagctAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGttt > 1:146538‑M1/48‑91 (MQ=255) ccATTTCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGttt < 2:1978291/91‑1 (MQ=255) tttCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTaaa > 2:3957161/1‑91 (MQ=255) ttCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAAt > 1:521310/1‑91 (MQ=255) tCTGAAAATTCAGATATAAATCATTCTCCTATTTGACTAAACAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCAGTTTAAAtt > 2:596703/1‑91 (MQ=255) 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tCAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATg > 1:3936880/1‑91 (MQ=255) cAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGt > 2:556733/1‑91 (MQ=255) cAGATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGt > 1:199808/1‑91 (MQ=255) gATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGttt > 1:1308028/1‑91 (MQ=255) gATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGttt < 1:1529548/91‑1 (MQ=255) gATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGttt > 1:475732/1‑91 (MQ=255) gATATAAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGttt < 2:1690953/91‑1 (MQ=255) tataAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGttttt < 1:2494177/91‑1 (MQ=255) tataAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGttttt > 2:1445257/1‑91 (MQ=255) tataAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGttttt < 1:3465638/91‑1 (MQ=255) ataAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTc > 2:3561509/1‑91 (MQ=255) taAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCa > 1:869501/1‑91 (MQ=255) taAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCa < 1:1891765/91‑1 (MQ=255) taAATCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTCAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCa > 1:1080195/1‑91 (MQ=255) aaacatttataaaatttaaacagctaaagcgcaaatctaacttcaatagggtttgcgctttAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCaa > 1:578917‑M2/62‑91 (MQ=255) aaacatttataaaatttaaacagctaaagcgcaaatctaacttcaatagggtttgcgctttAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCaa > 1:1489996‑M2/62‑91 (MQ=255) aaTCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAAt < 2:2334999/91‑1 (MQ=255) aaTCATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTCATAAATGTTTTTCAAt > 2:3787406/1‑91 (MQ=255) cATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtc < 2:398146/91‑1 (MQ=255) cATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtc > 2:3139001/1‑91 (MQ=255) cATTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtc < 2:1159995/91‑1 (MQ=255) aTTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtca > 1:107248/1‑91 (MQ=255) aTTCTACTATTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTtca > 2:89137/1‑91 (MQ=255) tactaTTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAg > 1:2618755/1‑91 (MQ=255) actaTTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGc < 1:3615122/91‑1 (MQ=255) actaTTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGc < 1:813321/91‑1 (MQ=255) actaTTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGc > 2:1665389/1‑91 (MQ=255) ctaTTTGCCTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCa < 1:1958053/91‑1 (MQ=255) ctaTTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCa < 1:1772224/91‑1 (MQ=255) ctaTTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCa > 1:278316/1‑91 (MQ=255) ctaTTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCa > 2:3240939/1‑91 (MQ=255) ctaTTTGACTAAAAAAAGCGCAAACCCTATTGAAGTTAGATTTGCGCTTTAGCTGTTTAAATTTTATAAATGTTTTTCAATTTCATCAGCa > 2:1238826/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |