| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1841984 = | 128 (0.630) | 22 (0.130) | 6/134 | NT | 17.9% | intergenic (+24/+70) | htrA/tyrS | Serine protease Do‑like HtrA/Tyrosine‑‑tRNA ligase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1842029 = | 95 (0.560) | intergenic (+69/+25) | htrA/tyrS | Serine protease Do‑like HtrA/Tyrosine‑‑tRNA ligase | |||||
AAGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1842086‑1841984‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgagtaggctctAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCATCAA > USA300TCH1516_ALE/1842029‑1842118 AAGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAA < 2:215445/91‑1 AGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAAT > 2:708269/1‑91 AGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAAT > 2:1426603/1‑91 AGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAAT < 2:2585464/91‑1 AGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAAT > 2:2670560/1‑91 AGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAAT > 1:2314060/1‑91 AGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAAT > 1:2313684/1‑91 AGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAAT > 2:3906903/1‑91 AGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAAT > 1:1442301/1‑91 AGAAAAAATACCTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATCCATTCCTAAGAATGTAAg > 2:2820882/1‑90 aAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATG < 2:2798910/90‑1 GAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATG < 1:1506566/91‑1 GAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATG < 1:1504759/91‑1 AAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATGAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGA < 2:3251756/91‑1 AAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGA < 1:1047491/91‑1 AAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGA > 1:3872144/1‑91 AAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGA > 1:3871926/1‑91 AAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGA < 1:3802798/91‑1 AAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAG > 2:2803982/1‑91 AAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAG > 1:1745603/1‑91 AAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGT < 1:2320837/91‑1 AAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGT < 2:3046663/91‑1 AAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTA > 2:1133179/1‑91 AAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTA < 2:548114/91‑1 AATACTTCATGGTTAACTATCAATAGATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAG < 2:3092185/91‑1 TACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGC > 1:2282436/1‑91 ACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGCATGTAATGAGTAGGCT > 2:3034654/1‑91 ACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCT < 1:2346733/91‑1 ACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCT < 2:2079395/91‑1 CTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTC > 1:259222/1‑91 CTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTC < 1:299829/91‑1 CTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTC < 2:3268679/91‑1 TTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGACTCT > 1:3294805/1‑91 TACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAACTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTT > 1:3376083/1‑91 TACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATCCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTT > 2:3119382/1‑91 CATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTC > 1:379249/1‑91 CATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTC > 1:999918/1‑91 CATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTC > 1:999500/1‑91 CATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTC > 1:2483806/1‑91 ATATCCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTGATTTATTTAGCTATGCAAATATATTGATTGCTAGTTCACCATGAAGTCTTTTTTCT > 2:2384728/1‑91 TATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTT > 1:797206/1‑91 TATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTT > 2:1548702/1‑91 TATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTT > 2:1548723/1‑91 TATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTT > 2:1548810/1‑91 TATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTT > 1:2492812/1‑91 TATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTT > 1:3933105/1‑91 ATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTA > 1:1361791/1‑91 ATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTA > 1:2351874/1‑91 ATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTA > 2:2322492/1‑91 ATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTA > 1:350654/1‑91 ATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTA > 2:1845313/1‑91 ATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTA > 1:2924404/1‑91 TTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTTTTAt > 2:2638016/1‑90 TTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTAC > 1:119869/1‑91 TTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTAC > 2:555182/1‑91 TGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAA > 1:1166034/1‑91 TGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAA > 2:2651485/1‑91 TGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAA < 1:2825953/91‑1 TGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAA > 1:2834215/1‑91 GAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAAT > 2:294671/1‑91 GAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAAT > 1:69645/1‑91 GAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAAT > 1:2350354/1‑91 GAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAAT > 1:537756/1‑91 AGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATT > 1:3704007/1‑91 AGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATT > 1:2628/1‑91 AGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATT > 2:2414232/1‑91 AGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATT > 2:2840341/1‑91 AGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATT < 1:466674/91‑1 AGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATT > 1:2353/1‑91 GTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTC > 1:93452/1‑91 GTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTC > 1:93830/1‑91 GTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTC > 1:1692786/1‑91 GTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTC > 1:160340/1‑91 AGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGC < 1:304316/91‑1 AGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGC > 1:1885678/1‑91 AGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGC < 1:1630953/91‑1 AGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGC > 1:2295576/1‑91 AGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGC < 1:304072/91‑1 GGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCC < 1:455379/91‑1 GGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCC > 2:3073263/1‑91 GGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCC > 2:3077092/1‑91 GGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCC < 2:1340673/91‑1 GGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCC < 1:1520215/91‑1 GGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCC < 2:3546405/91‑1 CTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGTCGAATAATCGTAAATTCGCCAT > 2:2856694/1‑91 CTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCAT > 2:2762779/1‑91 CTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCAT > 2:35303/1‑91 CTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCAT < 1:593645/91‑1 TCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTATCGCTACGAATAATCGTAAATTCGCCATC > 2:1810193/1‑91 TCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCATC < 2:2954937/91‑1 CTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCATCA < 2:3391720/91‑1 CTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCATCA > 1:1266832/1‑91 CTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATACGCCATCA > 2:3514355/1‑91 CTAATTTAGTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCAGGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCATCA < 2:3391691/91‑1 TAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCATCAA > 2:380097/1‑91 AAGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTAATGAGTAGGCTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1842086‑1841984‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgagtaggctctAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCATCAA > USA300TCH1516_ALE/1842029‑1842118 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |