| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1844653 = | 249 (1.220) | 12 (0.070) | 9/142 | NT | 5.7% | intergenic (+50/+153) | mrcA/isdH | Penicillin‑binding protein 1A/Iron‑regulated surface determinant protein H |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1844699 = | 176 (0.980) | intergenic (+96/+107) | mrcA/isdH | Penicillin‑binding protein 1A/Iron‑regulated surface determinant protein H | |||||
AATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTACTGCTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1844751‑1844653‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actgctgttCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACCAATCAATAGTTTATAAATTAATTGCTTTCACATTGTCTACAAAGTTAATCATACAT > USA300TCH1516_ALE/1844699‑1844788 AATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTA > 2:1019957/1‑91AATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTA > 2:2918871/1‑91AATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTA > 2:2919103/1‑91AATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTA > 1:3385782/1‑91AATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTA > 1:3385588/1‑91AATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTA < 2:846029/91‑1 ATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTAC < 1:2916152/91‑1 ATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTAC < 2:218451/91‑1 ATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTAC < 2:218650/91‑1 ATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTAC < 1:3405146/91‑1 ATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTAC > 2:3712049/1‑91 ATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTAC > 1:258519/1‑91 ATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTAC > 2:89422/1‑91 ATTTATAAACTATTGATTGGTTTAATGGCTTTCCTTTAGAGTAAATAAAAAGAACAGCAGTGAGAAATTTTCTAATTGAAAATAATCTTAC < 1:1734831/91‑1 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USA300TCH1516_ALE/1844751‑1844653‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actgctgttCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACCAATCAATAGTTTATAAATTAATTGCTTTCACATTGTCTACAAAGTTAATCATACAT > USA300TCH1516_ALE/1844699‑1844788 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |