| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1844653 = | 249 (1.220) | 12 (0.070) | 9/142 | NT | 5.7% | intergenic (+50/+153) | mrcA/isdH | Penicillin‑binding protein 1A/Iron‑regulated surface determinant protein H |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1844699 = | 176 (0.980) | intergenic (+96/+107) | mrcA/isdH | Penicillin‑binding protein 1A/Iron‑regulated surface determinant protein H | |||||
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
ATGATATTAAATCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACCAATCAATAGTT > USA300TCH1516_ALE/1844563‑1844743 | atgtatgattaactttgtagacaatgtgaaagcaattaatttataaactattgattggtttaatggctttcctttagagtaaataaaaaga > 2:3853367‑M1/91‑91 (MQ=255)atgtatgattaactttgtagacaatgtgaaagcaattaatttataaactattgattggtttaatggctttcctttagagtaaataaaaaga > 2:2083635‑M1/91‑91 (MQ=255) tgtatgattaactttgtagacaatgtgaaagcaattaatttataaactattgattggtttaatggctttcctttagagtaaataaaaagaa < 1:230293‑M1/2‑1 (MQ=255) tGATATTAAATCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTaaaaa > 2:947738/1‑91 (MQ=255) tGATATTAAATCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTaaaaa > 2:3536410/1‑91 (MQ=255) tGATATTAAATCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTaaaaa > 1:2908451/1‑91 (MQ=255) tGATATTAAATCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTaaaaa > 1:2540652/1‑91 (MQ=255) tGATATTAAATCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTaaaaa > 2:2510011/1‑91 (MQ=255) gtatgattaactttgtagacaatgtgaaagcaattaatttataaactattgattggtttaatggctttcctttagagtaaataaaaagAAc < 1:2736641‑M1/3‑1 (MQ=255) gATATTAAATCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAAc > 1:3712049/1‑91 (MQ=255) gATATTAAATCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAAc > 1:2891527/1‑91 (MQ=255) tatgattaactttgtagacaatgtgaaagcaattaatttataaactattgattggtttaatggctttcctttagagtaaataaaaagAAca < 1:952621‑M1/4‑1 (MQ=255) tgattaactttgtagacaatgtgaaagcaattaatttataaactattgattggtttaatggctttcctttagagtaaataaaaagAAcagc < 1:1776375‑M1/6‑1 (MQ=255) tgattaactttgtagacaatgtgaaagcaattaatttataaactatggattggtttaatggctttcctttagagtaaataaaaagAAcagc < 2:3542066‑M1/6‑1 (MQ=255) atTAAATCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAAcagc > 2:2168242/1‑91 (MQ=255) atTAAATCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAAcagc < 2:2000300/91‑1 (MQ=255) aaaTCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGt > 2:2261574/1‑91 (MQ=255) aaTCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCGCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTa < 2:115499/91‑1 (MQ=255) tCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACTACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAg > 2:2222301/1‑91 (MQ=255) cacaTTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGa > 1:2398792/1‑91 (MQ=255) acaTTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGat < 2:3701935/91‑1 (MQ=255) caTTTGTTAAAACGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGatt < 2:567910/91‑1 (MQ=255) caTTAGTTAAAAAGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGatt < 2:3825082/91‑1 (MQ=255) aTTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGatta < 1:142682/91‑1 (MQ=255) aTTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGatta > 2:3943489/1‑91 (MQ=255) aTTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGatta > 2:1083987/1‑91 (MQ=255) ttGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGattatt > 1:3325968/1‑91 (MQ=255) tGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTAttt > 1:646226/1‑91 (MQ=255) ttAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTc < 1:92706/91‑1 (MQ=255) aaaTCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCaa > 1:1842329/1‑91 (MQ=255) aaTCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAAt < 1:3108967/91‑1 (MQ=255) aTCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAAtt < 2:1061181/91‑1 (MQ=255) aTCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAAtt < 2:1828393/91‑1 (MQ=255) aTCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAAtt > 2:3799722/1‑91 (MQ=255) tCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTa < 1:763904/91‑1 (MQ=255) cGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAg < 2:1177115/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGaa > 2:2590335/1‑91 (MQ=255) gcaattaatttataaactattgattggtttaatggctttcctttagagtaaataaaaagAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAAt > 1:808484‑M1/60‑91 (MQ=255) aaGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTCGAAAAtt > 1:3242649/1‑91 (MQ=255) aaGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAAtt > 2:3584326/1‑91 (MQ=255) aGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAAttt < 2:2961993/91‑1 (MQ=255) aGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAAttt > 1:686527/1‑91 (MQ=255) aGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAAttt > 1:3289859/1‑91 (MQ=255) aGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAAttt > 2:3394864/1‑91 (MQ=255) gCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTtc < 2:1302172/91‑1 (MQ=255) tAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCAc < 1:3636109/91‑1 (MQ=255) aaTTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCAct > 2:1964210/1‑91 (MQ=255) aTTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCActg > 2:2046080/1‑91 (MQ=255) ttGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATAATAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCActgc < 2:2021503/91‑1 (MQ=255) tataaactattgattggtttaatggctttcctttagagtaaataaaaagAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCActgc > 2:933844‑M1/50‑91 (MQ=255) aTGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGt < 2:1974376/91‑1 (MQ=255) tGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGtt < 1:1909224/91‑1 (MQ=255) gCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTc > 2:2925978/1‑91 (MQ=255) cTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCt < 1:409710/91‑1 (MQ=255) tCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCtt < 2:2738676/91‑1 (MQ=255) aCTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCtttt < 1:1984635/91‑1 (MQ=255) cTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCttttt < 2:321950/91‑1 (MQ=255) tttAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTtttatt < 2:775986/91‑1 (MQ=255) ttAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTtttattt < 1:3186932/91‑1 (MQ=255) ttAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTtttattt < 2:2888116/91‑1 (MQ=255) aaaGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTAc > 2:3699146/1‑91 (MQ=255) aaaGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTAc > 1:2020382/1‑91 (MQ=255) aaGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTAct > 1:1576551/1‑91 (MQ=255) aGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTActc > 1:449569/1‑91 (MQ=255) aGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTActc > 2:438185/1‑91 (MQ=255) aGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTActc > 2:3775617/1‑91 (MQ=255) aGTAACCACAACAATGAATCCAAAAAAAAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTActc < 2:1348619/91‑1 (MQ=255) aCCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTaaa > 2:3121403/1‑91 (MQ=255) aCCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTaaa < 2:1862159/91‑1 (MQ=255) aCCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTaaa < 1:556694/91‑1 (MQ=255) ccACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAg < 1:2176504/91‑1 (MQ=255) aacaaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGaaa > 2:1514889/1‑91 (MQ=255) acaaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAg > 1:1145175/1‑91 (MQ=255) acaaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAg > 1:1255396/1‑91 (MQ=255) acaaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAg < 1:3451520/91‑1 (MQ=255) acaaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAg < 1:2253716/91‑1 (MQ=255) caaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGc < 1:1340126/91‑1 (MQ=255) caaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGc > 1:3827190/1‑91 (MQ=255) aaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGcc < 2:2111126/91‑1 (MQ=255) aaTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGcc < 2:1413232/91‑1 (MQ=255) aTGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCa > 1:2140743/1‑91 (MQ=255) tGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCAt > 2:2282503/1‑91 (MQ=255) tGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCAt < 1:2449346/91‑1 (MQ=255) gAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCAtt > 1:2627940/1‑91 (MQ=255) gAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCAtt > 1:3658506/1‑91 (MQ=255) aTCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTaa < 2:356544/91‑1 (MQ=255) cAAATATTAAAAGCAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAAcc < 2:1627472/91‑1 (MQ=255) aaTATTAAGAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTGTTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACcaa < 2:3439498/91‑1 (MQ=255) aaTATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACcaa > 2:1260838/1‑91 (MQ=255) atatTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACcaat < 2:2744218/91‑1 (MQ=255) atatTAAAAACACCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACtaat > 1:3059028/1‑91 (MQ=255) tatTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACcaatc < 1:279536/91‑1 (MQ=255) tatTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACcaatc < 1:860339/91‑1 (MQ=255) tAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACcaatcaat > 1:590273/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAGCAGTAAGATTATTTTCTTTTATATAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGCAAAGCCATTAAACCAATCAATa > 2:3183902/1‑91 (MQ=38) aaaaaCAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACCAATCAATa < 1:164922/91‑1 (MQ=255) aaaaaCAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACCAATCAATa > 1:1046799/1‑91 (MQ=255) aaaCAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACCAATCAATAGt > 2:470515/1‑91 (MQ=255) aaaCAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACCAATCAATAGt > 2:1561658/1‑91 (MQ=255) aaaCAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACCAATCAATAGt > 2:245368/1‑91 (MQ=255) | ATGATATTAAATCACATTTGTTAAATCGAAAAAAGCGTTAATTGATGCTCACTTTTTAAAGTAACCACAACAATGAATCCAAATATTAAAAACAGCAGTAAGATTATTTTCAATTAGAAAATTTCTCACTGCTGTTCTTTTTATTTACTCTAAAGGAAAGCCATTAAACCAATCAATAGTT > USA300TCH1516_ALE/1844563‑1844743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |