| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1856910 = | 248 (1.220) | 23 (0.130) | 11/144 | NT | 9.8% | intergenic (‑595/+105) | aroF/USA300HOU_RS09235 | Phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1856940 = | 199 (1.090) | intergenic (‑625/+75) | aroF/USA300HOU_RS09235 | Phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase/hypothetical protein | |||||
AAAATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1857007‑1856910‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taccttttATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAATGT > USA300TCH1516_ALE/1856940‑1857029 cAAATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTT < 2:3934143/90‑1 AAATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTA < 2:915930/91‑1 AAATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTA < 2:1165780/91‑1 AAATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTA > 1:529543/1‑91 AATCGTTGAATGATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTAC < 1:3580037/91‑1 AATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTAC < 1:1602699/91‑1 AATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTAC < 2:2593282/91‑1 AATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTAC < 1:2225248/91‑1 AATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTAC < 1:2523334/91‑1 AATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAACTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTAC < 1:2523333/91‑1 ATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACC < 2:3576421/91‑1 ATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACC < 2:2763168/91‑1 ATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACC > 1:943158/1‑91 TCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCT < 2:2146593/91‑1 CGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTGAAAATTGAGTTTAAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTT < 1:3153509/91‑1 CGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTGAAAATTGACTTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTT < 1:3153237/91‑1 CGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTT > 1:3640475/1‑91 GTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTT < 2:1354431/91‑1 GTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTT > 1:2275381/1‑91 GTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTT < 1:3085631/91‑1 TTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGTTGCTTACCTTTT > 1:3652579/1‑91 TTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTT > 1:3041756/1‑91 TATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACA > 1:2345734/1‑91 TTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGA > 1:3435932/1‑91 ATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTC > 2:229669/1‑91 TAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCA > 1:3498401/1‑91 AAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTGAAC > 1:3192520/1‑91 AGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGA > 2:1050111/1‑91 AGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGA > 2:2488985/1‑91 AGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATACAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGA > 1:3335136/1‑91 GGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGAT > 1:2197017/1‑91 GTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATT > 1:3625117/1‑91 GTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATT > 1:3625307/1‑91 GTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATT > 2:2864041/1‑91 GTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATT > 1:2446094/1‑91 GGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGCTTTTA > 2:1760687/1‑91 GGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTA > 2:1760801/1‑91 GGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTA > 2:1760673/1‑91 GGCATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTA > 2:1678823/1‑91 ATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTA > 1:1319262/1‑91 ATTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTA > 1:3890585/1‑91 TTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAACATATATTACATAGCTTACTGTTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAA > 2:3252873/1‑91 TTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAACATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAA > 2:3252355/1‑91 TTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAA > 1:2527430/1‑91 TTCAGGTGCTTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAA > 1:2527513/1‑91 TACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCAT < 1:2925129/91‑1 TACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCAT < 1:1454797/91‑1 TACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCAT < 1:1454924/91‑1 TACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCAT > 1:3528670/1‑91 TACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCAT > 2:1787885/1‑91 TACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCAT < 1:2305891/91‑1 CCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTG > 1:1243996/1‑91 TTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAA > 2:1977628/1‑91 TTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAA < 2:1903856/91‑1 TTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAA < 2:3415858/91‑1 TTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAA < 1:3727001/91‑1 TTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGCAT > 2:2823284/1‑91 TTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAAT > 1:852777/1‑91 TTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAAT > 2:17869/1‑91 TTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAAT < 2:1362573/91‑1 TTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAATG < 1:3551601/91‑1 TTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAATG > 2:259155/1‑91 TATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAATGT > 1:1776878/1‑91 TATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAATGT > 1:1700720/1‑91 AAAATCGTTGAATAATCAATCATAGCAGTAAGCTATGTAATATATTTTTAAAAATTGAATTTCAAAATAAAAGGTAGGCATTCAGGTGCTTACCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1857007‑1856910‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taccttttATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAATGT > USA300TCH1516_ALE/1856940‑1857029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |