New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1856910 = | 248 (1.220) | 23 (0.130) | 11/144 | NT | 9.8% | intergenic (‑595/+105) | aroF/USA300HOU_RS09235 | Phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1856940 = | 199 (1.090) | intergenic (‑625/+75) | aroF/USA300HOU_RS09235 | Phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase/hypothetical protein |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
AAACAACATAAATACATGAAATGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAATGTA > USA300TCH1516_ALE/1856851‑1857030 | aaaCAACATAAATACATGAAATGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTAt > 2:594202/1‑91 (MQ=255) aacaacATAAATACATGAAATGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTAtt < 1:2260037/91‑1 (MQ=255) caacaTAAATACATGAAATGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACC‑TTTATTTTg < 1:1541331/91‑1 (MQ=255) acaTAAATACATGAAATGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAACAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGa > 2:3907009/1‑91 (MQ=255) acaTAAATACATGAAATGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGa < 2:2849025/91‑1 (MQ=255) caTAAATACATGAAATGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGaa < 1:1030498/91‑1 (MQ=255) caTAAATACATGAAATGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGaa > 2:70104/1‑91 (MQ=255) aaaTACATGAACTGATCGCATTGGCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAAtt < 2:3024793/91‑1 (MQ=255) aTACATGAAATGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCa > 2:1607652/1‑91 (MQ=255) aCATGAAATGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAAt > 2:1868364/1‑91 (MQ=255) cATGAAATGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAAtt < 1:1674485/91‑1 (MQ=255) aTGAAATGCTCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGACTGCCTACCTTTTATCTTGAAATTCAAttt > 2:1675926/1‑91 (MQ=255) aaaTGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTa > 1:1715775/1‑91 (MQ=255) aaTGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTaa < 1:1854422/91‑1 (MQ=255) aaTGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTaa > 2:1341470/1‑91 (MQ=255) aTGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTaaa < 2:994187/91‑1 (MQ=255) tCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAata > 2:867183/1‑91 (MQ=255) tCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAata > 2:1028469/1‑91 (MQ=255) tCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAata < 2:2691316/91‑1 (MQ=255) cGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAatat > 2:1735119/1‑91 (MQ=255) gCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAatata > 1:1021012/1‑91 (MQ=255) gCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAatata > 1:547262/1‑91 (MQ=255) gCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAatata < 2:2680393/91‑1 (MQ=255) cATTGCCTTTCAAAATAATCTGATGATATCAAATGAGGTAAGCACCTGAATGGCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAatatat < 2:1946369/91‑1 (MQ=255) cATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAatatat > 2:2587144/1‑91 (MQ=255) aTTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATAtt > 2:3492640/1‑91 (MQ=255) ttGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTa > 2:321678/1‑91 (MQ=255) tGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTAc < 1:2717534/91‑1 (MQ=255) ccTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACAt < 2:2693374/91‑1 (MQ=255) cTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATa < 1:3846919/91‑1 (MQ=255) tttCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAg < 1:3909558/91‑1 (MQ=255) tCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCt > 1:750187/1‑91 (MQ=255) tCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCt < 1:2400786/91‑1 (MQ=255) aaaTAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTAc > 1:2267534/1‑91 (MQ=255) tAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGc < 2:3550025/91‑1 (MQ=255) aaaCTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCt < 1:2959731/91‑1 (MQ=255) aaaCTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCt < 1:3893580/91‑1 (MQ=255) aCTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTAt < 2:290974/91‑1 (MQ=255) aCTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTAt > 1:694296/1‑91 (MQ=255) aCTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTAt < 2:2815484/91‑1 (MQ=255) cTGATGATATCAAAAAAGGTAATCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATCGCTTACTGCTAtg < 2:915238/91‑1 (MQ=255) tgatgaTATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTAtga < 1:3284519/91‑1 (MQ=255) gatgatATCCAAAAAGGTAAGCACCTGAATGGCTACCTTTTCATCTCAAATTGAATATCTAAAAACATATTACATAGCTTCCTGCTAtgaa > 2:2616716/1‑90 (MQ=255) gatgatATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTTAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTAtgat > 2:3947447/1‑91 (MQ=255) gatgatATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTAtgat > 2:1469991/1‑91 (MQ=255) atgatATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTAtgatt > 2:1509019/1‑91 (MQ=255) tgatATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTAtgattg > 1:507710/1‑91 (MQ=255) tgatATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTAtgattg > 1:976898/1‑91 (MQ=255) tgatATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTAAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTAtgattg < 2:568255/91‑1 (MQ=255) ttcaaaataaaaggtaggcattcaggtgcttaccttttATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTAtgattga > 1:3435932‑M2/39‑91 (MQ=255) gatATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTAtgattga < 1:1336983/91‑1 (MQ=255) cAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGattatt > 2:2385047/1‑91 (MQ=255) cAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGattatt < 1:2104944/91‑1 (MQ=255) cAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAACTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGattatt > 2:889308/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTc > 1:1140503/1‑91 (MQ=255) taaaaggtaggcattcaggtgcttaccttttATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCa > 1:3498401‑M2/32‑91 (MQ=255) aaaaaGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCa < 2:3353354/91‑1 (MQ=255) aaaaaGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCa > 1:3727354/1‑91 (MQ=255) aaaaaGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCa > 1:3044811/1‑91 (MQ=255) aaaaaGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCa < 1:1447830/91‑1 (MQ=255) aaaaaGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCa < 1:918958/91‑1 (MQ=255) aaaggtaggcattcaggtgcttaccttttATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTGAAc > 1:3192520‑M2/30‑91 (MQ=255) 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GTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATCATTCAACGAtt < 1:3580037‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGAttt < 2:1165780‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGAttt > 1:529543‑M1/1‑91 (MQ=255) ggcattcaggtgcttaccttttATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGCTTTTa > 2:1760687‑M2/23‑91 (MQ=255) aGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTa > 2:2289461/1‑91 (MQ=255) aGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTa < 2:1205184/91‑1 (MQ=255) cACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGt > 2:2019349/1‑91 (MQ=255) aCCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTa > 1:2606795/1‑91 (MQ=255) 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tttATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAAt < 2:1362573‑M2/88‑1 (MQ=255) tttATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAAt > 1:852777‑M2/4‑91 (MQ=255) aaaTTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAATg > 1:3355207/3‑91 (MQ=255) tATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAATGt > 1:1700720‑M2/2‑91 (MQ=255) aTTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAATGTa > 1:2897114/1‑91 (MQ=255) aTTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAATGTa < 1:274753/91‑1 (MQ=255) | AAACAACATAAATACATGAAATGATCGCATTGCCTTTCAAAATAAACTGATGATATCAAAAAAGGTAAGCACCTGAATGCCTACCTTTTATTTTGAAATTCAATTTTTAAAAATATATTACATAGCTTACTGCTATGATTGATTATTCAACGATTTTAGTAATCTTAGTCATTGAATGTA > USA300TCH1516_ALE/1856851‑1857030 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |