| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1858406 | 122 (0.600) | 17 (0.110) | 8/126 | NT | 13.6% | intergenic (‑33/+41) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1858419 | 121 (0.760) | intergenic (‑46/+28) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
CGGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1858300‑1858406‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aacaaatgcacttaaatGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATTTGTTATAGGAGGATATACAAATGACGCAGCAACAAAATGATAAAAGAACATTAAAAAATAAACA < USA300TCH1516_ALE/1858419‑1858330 CGGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTTTTTTTTTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATA > 2:3203228/1‑91CGGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATA > 1:2014539/1‑91CGGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATA > 1:2014406/1‑91 GGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAA < 2:3202684/91‑1 GGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAA > 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USA300TCH1516_ALE/1858419‑1858330 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |