| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1858406 | 122 (0.600) | 17 (0.110) | 8/126 | NT | 13.6% | intergenic (‑33/+41) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1858419 | 121 (0.760) | intergenic (‑46/+28) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
CATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACAT > USA300TCH1516_ALE/1858316‑1858496 | ttacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAAt > 2:2800574‑M1/75‑91 (MQ=255)cATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAAT < 1:1605989‑M1/91‑1 (MQ=255) tttGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAg > 1:2997121/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGt < 1:1955564/91‑1 (MQ=255) ttGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGt < 1:1846317/91‑1 (MQ=255) aaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGt > 2:3352083‑M1/71‑91 (MQ=255) gATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaa > 1:2039251/1‑91 (MQ=255) aTAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaac > 1:1124158/1‑91 (MQ=255) tAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACCAATGCACTTAAATAAGTaaca > 2:2397378/1‑91 (MQ=255) aGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaacaac < 2:449022/91‑1 (MQ=255) aGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaacaac > 2:700687/1‑91 (MQ=255) aGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaacaac < 1:1680048/91‑1 (MQ=255) tgtgtTTA‑TTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTc < 1:1784431/91‑1 (MQ=255) taatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCt > 2:2963206‑M1/63‑91 (MQ=255) gtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttactt < 1:578167‑M1/91‑14 (MQ=255) aatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTc > 1:3868139‑M1/62‑91 (MQ=255) aatgtagcaactgatgcaaatcagagctatacttctagagtagataaataattaataatgaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTc > 2:3015701‑M1/62‑91 (MQ=255) gtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACACATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCat < 2:787290‑M2/91‑3 (MQ=255) ggtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCAt > 2:2471383‑M1/60‑91 (MQ=255) tttATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatt < 1:554108‑M1/91‑17 (MQ=255) tttATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatt > 1:3237093‑M2/1‑88 (MQ=255) tttATTTTTTAATGTGCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatt < 1:1621753‑M1/91‑17 (MQ=255) tATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTCTAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCattta < 2:3591758‑M2/91‑6 (MQ=255) tATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCattta > 2:3491828‑M2/1‑86 (MQ=255) ttttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatttaag < 1:1016637‑M1/91‑21 (MQ=255) ttttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGCATATCCTCCTAGAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaag > 2:3479000‑M2/1‑84 (MQ=255) caacggatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataagtaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAg > 2:3544829‑M1/55‑91 (MQ=255) aactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGt > 1:2647013‑M1/54‑91 (MQ=255) ttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtg < 2:3382041‑M1/91‑23 (MQ=255) ttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtg < 1:3570639‑M1/91‑23 (MQ=255) ttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtg > 2:1787251‑M2/1‑82 (MQ=255) ttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgca > 1:1065621‑M2/1‑80 (MQ=255) tAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcat < 2:3642489‑M2/91‑13 (MQ=255) aaTGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTA‑AACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcattt < 2:2774460‑M2/91‑15 (MQ=255) gtgcTTTTATCATTTTGTTGCTGCGGCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATgtgt < 2:3845713/88‑1 (MQ=255) ttCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgtt < 2:326718‑M2/91‑18 (MQ=255) ttCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgtt < 2:2372710‑M2/91‑18 (MQ=255) tCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGttt < 2:1146209/91‑1 (MQ=255) aatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGttt > 1:2684568‑M1/44‑91 (MQ=255) tttATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaat < 2:1753465/91‑1 (MQ=255) tCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatt < 1:2962099/91‑1 (MQ=255) tCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatt < 2:2878533/91‑1 (MQ=255) cATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatta < 1:2848330/91‑1 (MQ=255) cATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatta > 2:53364/1‑91 (MQ=255) tttGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTCAAGTGCATTTGTttaattattaatt > 1:3667716/1‑91 (MQ=255) gttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTaattattaattatt < 2:3119404/91‑1 (MQ=255) gctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttatttat < 2:1576454/91‑1 (MQ=255) gctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttatttat > 1:439384/1‑91 (MQ=255) tgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCt < 2:391903/91‑1 (MQ=255) cGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTAc > 1:1471664/1‑91 (MQ=255) gTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTAct < 1:621327/91‑1 (MQ=255) gTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAg > 2:2325501/1‑91 (MQ=255) gTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAg < 2:942367/91‑1 (MQ=255) tatCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGCAGtat > 2:3198173/1‑91 (MQ=255) gcctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAg < 2:1872274/90‑1 (MQ=255) cctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGc < 2:1656138/91‑1 (MQ=255) cctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGc > 1:3165113/1‑91 (MQ=255) tcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTa > 2:3608069/1‑91 (MQ=255) tataACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGa > 2:1316676/1‑91 (MQ=255) ataACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAt > 2:1503253/1‑91 (MQ=255) taACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAtt < 1:3770322/91‑1 (MQ=255) aaCAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaa > 1:3024465‑M1/1‑17 (MQ=255) 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aaaTGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggacgatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacat < 2:3259049‑M1/91‑78 (MQ=255) aaTGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacatt < 1:2400621‑M1/91‑79 (MQ=255) AATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCAt > 2:3730853‑M1/1‑91 (MQ=255) aTGCAGTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacatta < 2:3642785‑M1/91‑80 (MQ=255) aTGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacatta > 2:1437155‑M1/1‑12 (MQ=255) aTGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacataa < 2:246747‑M1/91‑80 (MQ=255) TGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTAAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCa < 1:3424563‑M1/91‑1 (MQ=255) gCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaa > 1:2271951‑M1/1‑10 (MQ=255) GCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAg < 2:1108845‑M1/91‑1 (MQ=255) GCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAg < 2:61754‑M1/91‑1 (MQ=255) cACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaatattaaaa > 1:1973899‑M1/1‑9 (MQ=255) cACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaa < 1:876890‑M1/91‑83 (MQ=255) aCTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaa > 2:2583457‑M1/1‑8 (MQ=255) ACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGtt < 1:2582807‑M1/91‑1 (MQ=255) cTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaa < 1:25522‑M1/91‑85 (MQ=255) CTTAAATAAGTAACATCCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTg > 2:188521‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTg < 1:905443‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATCATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTg < 2:2130987‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaat < 2:3726883‑M1/91‑86 (MQ=255) tAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaata > 2:3895068‑M1/1‑5 (MQ=255) tAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaata > 2:663625‑M1/1‑5 (MQ=255) TAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCt < 2:1030951‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCt < 2:457820‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTGAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCt > 2:1241545‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTgaggttgttacttatttaagtgcaattgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaataaa > 1:3237078‑M1/1‑3 (MQ=255) aaTAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaataaa < 2:2170317‑M2/91‑76 (MQ=255) ATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACa > 2:1451757‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACa < 1:1295962‑M1/91‑1 (MQ=255) tgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaataaaca < 1:1210054‑M1/91‑91 (MQ=255) TAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACAt > 1:2330492‑M1/1‑91 (MQ=255) | CATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACAT > USA300TCH1516_ALE/1858316‑1858496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |