| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1867671 = | 166 (0.810) | 17 (0.090) | 10/142 | NT | 9.7% | intergenic (+45/+80) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1867709 = | 170 (0.940) | intergenic (+83/+42) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP | |||||
ATTAGTTGATAATAACTAAAATAAAGATGTATTACTAAACAAATTTTCAAAAATAAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1867769‑1867671‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtggctcaATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTATGTT > USA300TCH1516_ALE/1867709‑1867798 ATTAGTTGATAATAACTAAAATAAAGATGTATTACTAAACAAATTTTCAAAAATAAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGT > 2:3852851/1‑91ATTAGTTGATAATAACTAAAATAAAGATGTATTACTAAACAAATTTTCAAAAATAAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGT < 2:148627/91‑1 TTAGTTGATAATAACTAAAATAAAGATGTATTACTAAACAAATTTTCAAAAATAAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTG > 1:2594998/1‑91 TAGTTGATAATAACTAAAATAAAGATGTATTACTAAACAAATTTTCAAAAATAAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGT < 2:2482604/91‑1 TAGTTGATAATAACTAAAATAAAGATGTATTACTAAACAAATTTTCAAAAATAAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGT < 2:2482587/91‑1 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GAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATC > 1:787002/1‑91 CCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAAC > 1:2956161/1‑91 CATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAA > 1:1268052/1‑91 ATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAAT > 1:2954499/1‑91 CCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGT > 1:324886/1‑91 CAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGATATTTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTT > 2:3328073/1‑91 CAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCTCCTAATGTT > 2:3405959/1‑91 CAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTT > 1:1555653/1‑91 CAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTT > 1:419246/1‑91 AATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTATAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTT > 2:3483539/1‑91 AATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAATTTTTTATTTATGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTT > 1:3326829/1‑91 ATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTC > 1:982541/1‑91 ATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTC > 1:977902/1‑91 TGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCA > 2:778617/1‑91 TGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCA < 1:413826/91‑1 GTGGCTCAATTTTTTATTTTTTTTTTTTTTTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCTACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCAT > 2:2843145/1‑91 GTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCAT > 2:2627638/1‑91 TGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATC > 1:480395/1‑91 TGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATC > 1:1832066/1‑91 GGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCT < 2:2501839/91‑1 GGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCT < 2:2501962/91‑1 GGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCT < 1:148627/91‑1 GGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCT < 2:2223246/91‑1 GCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTA < 1:1314094/91‑1 GCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTA < 1:1515236/91‑1 GCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTA < 1:3647223/91‑1 GCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTA < 1:1515369/91‑1 GCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTA < 1:2463591/91‑1 CTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATAGATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTAT < 2:3114131/91‑1 CTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTAT < 2:3080547/91‑1 CTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTAT > 1:434763/1‑91 TCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTATG > 1:2429951/1‑91 TCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGCTTCACGTAAAATATATGCATCTATG > 1:3687108/1‑91 CAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTATGT > 2:1479567/1‑91 AATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTATGTT > 2:3410229/1‑91 AATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTATGTT < 1:2754281/91‑1 ATTAGTTGATAATAACTAAAATAAAGATGTATTACTAAACAAATTTTCAAAAATAAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1867769‑1867671‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtggctcaATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTATGTT > USA300TCH1516_ALE/1867709‑1867798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |