| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1867671 = | 166 (0.810) | 17 (0.090) | 10/142 | NT | 9.7% | intergenic (+45/+80) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1867709 = | 170 (0.940) | intergenic (+83/+42) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP | |||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
TGCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTA > USA300TCH1516_ALE/1867581‑1867760 | gCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TG > 2:3171697‑M1/1‑91 (MQ=255) cAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGA > 2:1233787‑M1/1‑91 (MQ=255) catagatgcatatattttacgtgaaacattagttgataataactaaaataaagatgtattactaaacaaattttcaaaaataaaaaatTGa > 1:2429951‑M1/89‑91 (MQ=255) atagatgcatatattttacgtgaaacattagttgataataactaaaataaagatgtattactaaacaaattttcaaaaataaaaaatTGAg > 1:434763‑M1/88‑91 (MQ=255) tagatgcatatattttacgtgaaacattagttgataataactaaaataaagatgtattactaaacaaattttcaaaaataaaaaatTGAGc < 1:1515236‑M1/5‑1 (MQ=255) tGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA < 1:1017772‑M1/91‑1 (MQ=255) agatgcatatattttacgtgaaacattagttgataataactaaaataaagatgtattactaaacaaattttcaaaaataaaaaatTGAGcc < 2:2223246‑M1/6‑1 (MQ=255) agatgcatatattttacgtgaaacattagttgataataactaaaataaagatgtattactaaacaaattttcaaaaataaaaaatTGAGcc < 2:2501839‑M1/6‑1 (MQ=255) gatgcatatattttacgtgaaacattagttgataataactaaaataaagatgtattactaaacaaattttcaaaaataaaaaatTGAGCca > 1:1832066‑M1/85‑91 (MQ=255) cATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACA < 1:194093‑M1/91‑1 (MQ=255) tgcatatattttacgtgaaacattagttgataataactaaaataaagatgtattactaaacaaattttcaaaaataaaaaatTGAGCcaca < 1:413826‑M1/9‑1 (MQ=255) ataCTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACAccc < 2:382431/91‑1 (MQ=255) ataCTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACAccc > 1:1707560/1‑91 (MQ=255) taCTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCt > 1:3719533/1‑91 (MQ=255) cTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTaa > 1:1328502/1‑91 (MQ=255) ggTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAAtt > 2:555442/1‑91 (MQ=255) gTGAAGTCATTAACGTTGTAGAGCGTTAATGCGAATTTTATCCATAGGTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTa < 2:1417060/91‑1 (MQ=255) tGAAGTCATTAACATTGTAGGGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAg < 1:1559588/91‑1 (MQ=255) tGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAg < 1:1489480/91‑1 (MQ=255) gAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGt < 2:2713483/91‑1 (MQ=255) gAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGAGTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGt < 1:3424325/91‑1 (MQ=255) gAAGTCATTAACATTGTAGAGCGCTAATACGAATTTTACCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAACAA‑TGAGCCCCACCCCCATTAGt > 2:1952818/1‑91 (MQ=255) aGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTaa > 1:1004116/1‑91 (MQ=255) gTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAg < 2:731185/91‑1 (MQ=255) aTTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAT‑TGAGCCACAtccaatcttactaatta < 1:1556997‑M1/91‑18 (MQ=255) ttAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTg > 1:2280375/1‑91 (MQ=255) tAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTGAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTgg > 1:3232135/1‑91 (MQ=255) aacattagttgataataactaaaataaagatgtattactaaacaaaatatcaaaaataaaaaatTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTg > 2:3328073‑M1/65‑91 (MQ=255) aacattaggagataataactaaaataaagatgtattactaaacaaattttcaaaaataaaaaatTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTg > 2:3405959‑M1/65‑91 (MQ=255) attagttgataataactaaaataaagatgtattactaaacaaattttcaaaaataaaaaatTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAt > 1:2954499‑M1/62‑91 (MQ=255) ttagttgataataactaaaataaagatgtattactaaacaaattttcaaaaataaaaaatTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtg > 1:1268052‑M1/61‑91 (MQ=255) aTTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACAtccaatcttactaattagggtgt < 1:35993‑M1/91‑24 (MQ=255) ttGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtg > 2:111310‑M2/1‑87 (MQ=255) ttGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtg > 1:312087‑M2/1‑87 (MQ=255) ttGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtg > 2:356365‑M2/1‑87 (MQ=255) tGTAGAGCGTTTGTTCGTGTTTTTTCCGTATTTGATTTGGATTGTAGAACTTAAAGA‑TGAGCCTCTCCCTAATTAGTAAGATTGGATGTgg < 2:1837125/91‑1 (MQ=255) tGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTTGAtgtgg < 2:370127‑M2/91‑6 (MQ=255) tGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtgg > 2:1382485‑M2/1‑86 (MQ=255) tGTAGAGCGTTAATACGAATTTTAGCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtgg > 2:611576‑M2/1‑86 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACAtccaatcttactaattagggtgtggc < 1:547712‑M1/91‑27 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggc < 2:874538‑M2/91‑7 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggc < 1:1734540‑M2/91‑7 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggc < 1:2198655‑M2/91‑7 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggc < 1:2748219‑M2/91‑7 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATAGTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACAACCTAATTAGTAAGATTAGAtgtggc < 2:3432443‑M2/91‑7 (MQ=255) agagCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAT‑TGAGCCACAtccaatcttactaattagggtgtggctc < 1:2497915‑M1/91‑29 (MQ=255) agagCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACAtccaatcttactaatgagggtgtggctc < 1:3035854‑M1/91‑29 (MQ=255) agagCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctc < 1:3837569‑M2/91‑9 (MQ=255) gataataactaaaataaagatgtattactaaacaaattttcaaaaataaaaaatTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTc > 1:787002‑M1/55‑91 (MQ=255) gagCGTTAATACGAATTTTATCCAGATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATTGAGCCACAtccaatcttactaattagggtgtggctc < 2:3115177‑M1/91‑29 (MQ=255) cGTTAATACGAATTTTATCCATAGTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑GGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAtt < 2:1573738/91‑1 (MQ=255) gTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAttt < 1:1284638/91‑1 (MQ=255) taactaaaataaagatgtattactaaacaaattttcaaaaataaaaaatTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAttt > 2:3617248‑M1/50‑91 (MQ=255) aTACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTa > 1:1125807/1‑91 (MQ=255) tACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAt > 2:3002814/1‑91 (MQ=255) tACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAt < 2:1209932/91‑1 (MQ=255) aCGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtt > 1:2878927/1‑91 (MQ=255) cGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAttt > 1:2094085/1‑91 (MQ=255) cGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAttt < 2:1286773/91‑1 (MQ=255) gagttttATCCATATTTGAGTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtttt < 2:3866736/88‑1 (MQ=255) gAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtttt < 1:3266651/91‑1 (MQ=255) gAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtttt > 1:1412438/1‑91 (MQ=255) ttttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGa < 1:2178684/91‑1 (MQ=255) ttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGaaa < 1:1097966/91‑1 (MQ=255) ttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGaaa < 2:3088067/91‑1 (MQ=255) ttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGaaa > 2:431203/1‑91 (MQ=255) aTCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAAt < 1:3380626/91‑1 (MQ=255) aTCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAAt < 1:994473/91‑1 (MQ=255) tCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAAtt > 1:2884812/1‑91 (MQ=255) cATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTg < 1:301659/91‑1 (MQ=255) atatTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGt > 1:657771/1‑91 (MQ=255) tttgatttgGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTa < 1:1636508/91‑1 (MQ=255) tttgGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAAt > 1:58445/1‑91 (MQ=255) tttgGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAAt < 2:255117/91‑1 (MQ=255) tttgGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAAt > 2:2859557/1‑91 (MQ=255) tgGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATAc > 2:2101816/1‑91 (MQ=255) gATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACAt > 2:2343788/1‑91 (MQ=255) gATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACAt > 1:2687805/1‑91 (MQ=255) 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aaaaa‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGtt > 1:690809/1‑91 (MQ=255) aaaa‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGTAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGtta > 2:1688637/1‑91 (MQ=255) aaa‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttat > 1:2385845/1‑91 (MQ=255) aa‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctcaattttaagttttacgatccaaatcaaatatggataaaattcgtattaacgc < 2:2470928‑M2/91‑61 (MQ=255) aa‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttatt > 1:2012389/1‑91 (MQ=255) aa‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttatt > 2:2260825/1‑91 (MQ=255) | TGCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTA > USA300TCH1516_ALE/1867581‑1867760 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |