New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1867671 = | 166 (0.810) | 17 (0.090) | 10/142 | NT | 9.7% | intergenic (+45/+80) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP |
? | USA300TCH1516_ALE | 1867709 = | 170 (0.940) | intergenic (+83/+42) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
AGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGCATCTATGTTT > USA300TCH1516_ALE/1867619‑1867799 | gTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAttt < 1:1490018/91‑1 (MQ=255) aaTACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAtttttt > 1:243833/1‑91 (MQ=255) tACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAt > 2:3002814/1‑91 (MQ=255) tACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAt < 2:1209932/91‑1 (MQ=255) tACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAt > 1:657461/1‑91 (MQ=255) cGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAttt < 2:1286773/91‑1 (MQ=255) gAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtttt < 2:3866684/91‑1 (MQ=255) gAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtttt > 1:1412438/1‑91 (MQ=255) gAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtttt < 1:2123484/91‑1 (MQ=255) gAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtttt < 1:3266651/91‑1 (MQ=255) gAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtttt < 1:1885719/91‑1 (MQ=255) aTTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAATAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTg < 2:3566913/91‑1 (MQ=255) aTTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTg > 1:1369443/1‑91 (MQ=255) ttttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGa > 2:752031/1‑91 (MQ=255) 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tCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAAtt > 1:2884627/1‑91 (MQ=255) cATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGACAATTTg > 2:2545211/1‑91 (MQ=255) atatTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGt > 2:2499153/1‑91 (MQ=255) tgatttgGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAAGTGGCTCAATTTTTTATTTTTTAAACTTTGTTTAGt > 2:586949/1‑91 (MQ=255) gatttgGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTa < 2:1057873/91‑1 (MQ=255) tttgGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAAt > 2:2859557/1‑91 (MQ=255) ttagATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATa < 2:2217292/88‑1 (MQ=255) tgGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATAc > 1:303656/1‑91 (MQ=255) tgGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATAc > 2:2101816/1‑91 (MQ=255) ggATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACa < 2:3720851/91‑1 (MQ=255) gATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGATAATTTGTTTAGTAATACAt > 2:1363258/1‑91 (MQ=255) gATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACAt > 1:2687805/1‑91 (MQ=255) aTCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATc < 2:281804/91‑1 (MQ=255) aTCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATc > 2:3652454/1‑91 (MQ=255) aTCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATc < 2:485227/91‑1 (MQ=255) tCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCt < 1:3904487/91‑1 (MQ=255) cGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCtt < 1:2854540/91‑1 (MQ=255) cGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCtt < 1:1481443/91‑1 (MQ=255) aaaaCTTAAAAATGAGCCACACCCTTATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTAt < 1:3686881/91‑1 (MQ=255) aaaaCTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTAt > 1:2938442/1‑91 (MQ=255) aaaCTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTAtt < 1:3419827/91‑1 (MQ=255) aaaCTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTAtt < 1:1746697/91‑1 (MQ=255) aCTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTAtttt < 1:2212623/91‑1 (MQ=255) cTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTa > 1:164601/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTa < 1:1806550/91‑1 (MQ=255) aaaaaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGtt > 1:690809/1‑91 (MQ=255) aaaaaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGtt < 1:837264/91‑1 (MQ=255) aaaaaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGtt > 1:2956815/1‑91 (MQ=255) aaattgagccacatccaatcttactaattagggtgtggctcaATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGtta > 2:3616589‑M2/43‑91 (MQ=255) aaaattgagccacatccaatcttactaattagggtgtggctcATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGtta > 1:1972058‑M2/43‑91 (MQ=255) aaaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttat > 1:2385845/1‑91 (MQ=255) aaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttatt > 1:2768350/1‑91 (MQ=255) aaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttatt > 1:2012389/1‑91 (MQ=255) gagccacatccaatcttactaattagggtgtggctcaATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATc > 1:528732‑M2/38‑91 (MQ=255) GAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATc > 2:2187281‑M1/1‑91 (MQ=255) GAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATc > 2:2042507‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGTAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAgttattatta < 2:2342746‑M1/91‑3 (MQ=255) GCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCaa > 1:1560084‑M1/1‑91 (MQ=255) CCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAAc < 2:258984‑M1/91‑1 (MQ=255) CACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACt > 2:1128445‑M1/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |