| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1867679 | 174 (0.850) | 16 (0.090) | 10/142 | NT | 9.0% | intergenic (+53/+72) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1867699 | 170 (0.940) | intergenic (+73/+52) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP | |||||
TGCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1867581‑1867679‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgagccacaTCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACAA < USA300TCH1516_ALE/1867699‑1867613 TGCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑T < 1:3210039/91‑1TGCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑T < 1:3210006/91‑1 GCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TG > 2:3171697/1‑91 CAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGA > 2:1233787/1‑91 CAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGA > 1:583719/1‑91 AGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAG < 2:439193/91‑1 GATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGC > 1:3902170/1‑91 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA < 1:633617/91‑1 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA < 2:962160/91‑1 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA < 2:353909/91‑1 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA < 2:3385785/91‑1 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA < 2:2152330/91‑1 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA < 1:852834/91‑1 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA < 1:794785/91‑1 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA < 1:1016989/91‑1 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA < 1:3623918/91‑1 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA < 1:1017772/91‑1 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA < 1:1983292/91‑1 CATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACA < 2:1963329/91‑1 CATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACA < 1:194093/91‑1 ATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAT‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTA < 1:1556997/91‑1 TAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAG < 1:1977269/91‑1 ACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGT < 1:801311/91‑1 ATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGT < 1:1827033/91‑1 ATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGT < 1:35993/91‑1 GTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGC < 2:1737323/91‑1 GTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGC < 1:547712/91‑1 TAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCT < 1:2363960/91‑1 AGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAT‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTC < 1:2497915/91‑1 AGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATGAGGGTGTGGCTC < 1:3035854/91‑1 GAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTC < 2:2864749/91‑1 GAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTC < 1:2880032/91‑1 GAGCGTTAATACGAATTTTATCCAGATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTC < 2:3115177/91‑1 GCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAT‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATT < 2:2470928/91‑1 GCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAT < 1:1207952/91‑1 GTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAT‑TGAGCCACATCCAATATTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTT < 1:3017286/91‑1 TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTC < 2:2713706/91‑1 TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTC < 2:2255714/91‑1 TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTC > 1:1570727/1‑91 GAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCT < 1:3837569/91‑1 GAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCT > 1:1120269/1‑91 GAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCT > 1:3519391/1‑91 AGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTA > 2:1683894/1‑91 GCCACATCTAATCTTACTAATTAGGTTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAACTATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 2:3432443/91‑1 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 2:3249174/91‑1 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC > 2:3128125/1‑91 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 1:1444953/91‑1 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 2:874538/91‑1 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC > 1:2408250/1‑91 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 1:2748219/91‑1 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 1:1734540/91‑1 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 1:2198655/91‑1 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 1:2062062/91‑1 CCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGCTAAAATTCGTATTAACGCTCTACA > 2:611576/1‑91 CCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACA > 2:1968210/1‑91 CCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACA > 2:1837151/1‑91 CCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACA > 1:1490945/1‑91 CCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACA > 2:1382485/1‑91 CCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACA > 2:1261569/1‑91 CCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATAAGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACA > 2:3234106/1‑91 CCACATCAAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACA < 2:370127/91‑1 CACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACAA > 2:111310/1‑91 CACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACAA > 2:356365/1‑91 CACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACAA > 1:312087/1‑91 CACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACAA > 2:653290/1‑91 TGCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1867581‑1867679‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgagccacaTCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACAA < USA300TCH1516_ALE/1867699‑1867613 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |