| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1867679 | 174 (0.850) | 16 (0.090) | 10/142 | NT | 9.0% | intergenic (+53/+72) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1867699 | 170 (0.940) | intergenic (+73/+52) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP | |||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
AACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGC > USA300TCH1516_ALE/1867609‑1867789 | aaCATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGa > 1:2547279/1‑91 (MQ=255) ttGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtg > 1:312087‑M2/1‑87 (MQ=255) ttGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtg > 2:356365‑M2/1‑87 (MQ=255) ttGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtg > 2:653290‑M2/1‑87 (MQ=255) tGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtgg > 2:1837151‑M2/1‑86 (MQ=255) tGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtgg > 2:1968210‑M2/1‑86 (MQ=255) tGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtgg > 2:1382485‑M2/1‑86 (MQ=255) gttgataataactaaaataaagatgtattactaaacaaattttcaaaaataaaaaatTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTgg > 1:2956161‑M1/58‑91 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggc > 1:2408250‑M2/1‑85 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggc < 1:2198655‑M2/91‑7 (MQ=255) agagCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctc < 1:3837569‑M2/91‑9 (MQ=255) gagCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctca < 2:2713706‑M2/91‑10 (MQ=255) gagCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctca < 2:2255714‑M2/91‑10 (MQ=255) gagCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctca > 1:1570727‑M2/1‑82 (MQ=255) agCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCaa > 1:2900012/1‑91 (MQ=255) cGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAtt < 1:2679210/91‑1 (MQ=255) cGTTAATACGAATTTTATCCATAGTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAAGGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAtt < 2:1573738/91‑1 (MQ=255) gTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAttt < 1:1490018/91‑1 (MQ=255) aaTACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAtttttt > 1:1279881/1‑91 (MQ=255) tACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAt > 2:3002814/1‑91 (MQ=255) tACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAt > 1:657461/1‑91 (MQ=255) cGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAttt < 2:1286773/91‑1 (MQ=255) 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ttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGaaa < 1:1097966/91‑1 (MQ=255) ttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGaaa > 2:2264797/1‑91 (MQ=255) ttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGaaa > 2:431203/1‑91 (MQ=255) aTCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAAt > 2:1085809/1‑91 (MQ=255) tCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGATCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAAtt < 2:3913950/91‑1 (MQ=255) atatTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGt > 2:2499153/1‑91 (MQ=255) ttgatttgGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAg > 1:1857998/1‑91 (MQ=255) gatttgGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTa < 2:3085433/91‑1 (MQ=255) tgGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATAc > 1:3389535/1‑91 (MQ=255) tgGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATAc > 2:2101816/1‑91 (MQ=255) tgGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATAc > 1:303655/1‑91 (MQ=255) tgGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATAc < 2:1188295/91‑1 (MQ=255) ggATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACa < 2:3720851/91‑1 (MQ=255) gATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATCAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACAt > 2:1221440/1‑91 (MQ=255) aTCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATc > 2:3652454/1‑91 (MQ=255) aTCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATc < 2:281804/91‑1 (MQ=255) cGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCtt < 1:2854394/91‑1 (MQ=255) cGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCtt < 1:1481127/91‑1 (MQ=255) tAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTa > 1:935884/1‑91 (MQ=255) aaaaCTTAAAAATGAGCCACACCCTTATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTAt < 1:3686881/91‑1 (MQ=255) aaaCTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTAtt < 1:1746697/91‑1 (MQ=255) aaCTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTAttt < 2:3574458/91‑1 (MQ=255) aCTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTAtttt < 1:2212623/91‑1 (MQ=255) cTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTa < 1:1806550/91‑1 (MQ=255) cTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTa > 1:164601/1‑91 (MQ=255) aaaaaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGtt > 1:690809/1‑91 (MQ=255) aaaaTGAGCCACACCCTAATTAGTAATATTGGAtgtggctcaattttaagttttacgatccaaatcaaatatggataaaattcgtattaac < 1:3017286‑M2/91‑59 (MQ=255) aaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctcaattttaagttttacgatccaaatcaaatatggataaaattcgtattaacgc < 2:2470928‑M2/91‑61 (MQ=255) aaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttatt > 2:3311677/1‑91 (MQ=255) aaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttatt > 1:2012389/1‑91 (MQ=255) aaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttatt > 2:3603788/1‑91 (MQ=255) aTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctcaatttttaagttttacgatccaaatcaaatatggataaaattcgtattaacgc < 1:1207952‑M2/91‑62 (MQ=255) gAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctcaatttttaagttttacgatccaaatcaaatctggataaaattcgtattaacgctc < 2:3115177‑M2/91‑64 (MQ=255) gAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctcaatttttaagttttacgatccaaatcaaatatggataaaattcgtattaacgctc < 1:2880032‑M2/91‑64 (MQ=255) gAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctcaatttttaagttttacgatccaaatcaaatatggataaaattcgtattaacgctc < 2:2864749‑M2/91‑64 (MQ=255) GAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATc > 2:2187281‑M1/1‑91 (MQ=255) GAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATc > 2:1017566‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctcatttttaagttttacgatccaaatcaaatatggataaaattcgtattaacgctcta < 1:2363960‑M2/91‑65 (MQ=255) AGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGTAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAgttattatta < 2:2342746‑M1/91‑3 (MQ=255) gCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctcatttttaagttttacgatccaaatcaaatatggataaaattcgtattaacgctctac < 2:1737323‑M2/91‑66 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |