| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1870541 = | 223 (1.090) | 24 (0.130) | 15/144 | NT | 10.4% | intergenic (‑28/+522) | srkA/dat | Stress response kinase A/D‑alanine aminotransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1870573 = | 213 (1.160) | intergenic (‑60/+490) | srkA/dat | Stress response kinase A/D‑alanine aminotransferase | |||||
TTGAGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1870638‑1870541‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agagccatATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAA > USA300TCH1516_ALE/1870573‑1870662 TTGAGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTA > 2:1389156/1‑91 TGAGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAG > 2:381475/1‑91 GAGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGA > 2:989178/1‑91 GAGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGA < 2:1843007/91‑1 GAGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGA < 2:1758029/91‑1 GAGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGA < 2:1618862/91‑1 GAGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGA < 1:852729/91‑1 GAGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGGTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGA < 2:3143075/91‑1 AGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAG < 1:1297140/91‑1 AGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAG > 2:467970/1‑91 AGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAG > 2:1889973/1‑91 AGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAG < 1:1297254/91‑1 GGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTGCTAGAGC > 1:1966979/1‑91 GATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCC < 1:332972/91‑1 GATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCC > 1:56253/1‑91 GATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCC < 1:527887/91‑1 GATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCC < 1:527685/91‑1 GATCTACAATAATTATCTGGACATAATCTTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGTCTCTTGTAAAACTTATTTCTAGAGac > 2:190693/1‑89 ATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCA < 2:340906/91‑1 ATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCA < 1:404507/91‑1 ATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCA < 1:404506/91‑1 TACAATACTTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCgttt < 2:3503695/91‑5 ACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATA < 2:3391915/91‑1 AATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATT < 1:2481066/91‑1 TAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCT < 2:1290088/91‑1 TTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAAT < 2:2202113/91‑1 TTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAAT < 2:2201893/91‑1 TTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCAT‑T‑TTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTA > 1:3408608/1‑91 TTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCAT‑T‑TTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTA > 1:3408591/1‑91 TTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCAT‑T‑TTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTA > 2:1013274/1‑91 TTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCAAGAGCC‑‑ATCTTCTAATTTATAACACCATAGTGGTACAAATATTATGTCCAGACAATTA > 1:3426121/1‑91 AATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCAT‑T‑TTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAGTTATTGT > 1:1973845/1‑91 ATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAA > 2:755086/1‑91 GGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATC > 2:1714644/1‑91 GCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCC > 2:2319030/1‑91 TCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTC > 1:412840/1‑91 TGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGAAAATCCTCAAa > 2:3466951/1‑90 GAAAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACC > 1:2629355/1‑91 AAAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCA > 2:3844155/1‑91 AAAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCA > 2:3844397/1‑91 AAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAA > 2:3562269/1‑91 AAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAA > 2:3562185/1‑91 AAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAA > 1:173791/1‑91 AAAACCTATTCCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAA > 2:1341773/1‑91 AAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCATCCAAT > 2:3651939/1‑91 AAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAAT > 1:2764935/1‑91 AACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATG > 2:342313/1‑91 AACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTAT‑ACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGC > 2:1921037/1‑91 gttTTTCTATATCCTTATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCT > 2:685452/4‑91 CTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTA > 1:3126648/1‑91 GAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACAC > 1:1849389/1‑91 GAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACAC > 1:1254896/1‑91 GAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACAC > 1:3449437/1‑91 GAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACAC > 2:2042995/1‑91 GAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACAC > 1:65965/1‑91 GAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACAC > 1:66287/1‑91 GAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACAC > 1:161756/1‑91 GAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACAC > 1:2176404/1‑91 aacaATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATGATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACG < 2:2698719/87‑1 AGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACG < 1:64207/91‑1 AGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACG > 2:652/1‑91 GCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGA > 1:1464567/1‑91 CCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGAC < 2:2575519/91‑1 CATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACT < 1:2090650/91‑1 ATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTA < 1:2250743/91‑1 ATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTA < 2:2561573/91‑1 TATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAA < 2:3857449/91‑1 TATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAA > 1:2376805/1‑91 TATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAAACAATGCCTACATTACACGACTAA > 2:1293666/1‑91 TTGAGGATTTACAATAATTATCTGGACATAATATTTGTACCAGTATGGTGTTATAAATTAGAATATATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1870638‑1870541‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agagccatATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAA > USA300TCH1516_ALE/1870573‑1870662 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |