New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1870541 = | 223 (1.090) | 24 (0.130) | 15/144 | NT | 10.4% | intergenic (‑28/+522) | srkA/dat | Stress response kinase A/D‑alanine aminotransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1870573 = | 213 (1.160) | intergenic (‑60/+490) | srkA/dat | Stress response kinase A/D‑alanine aminotransferase |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
TGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAAA > USA300TCH1516_ALE/1870484‑1870663 | tgtCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCatat < 2:3254001/91‑1 (MQ=255) gtCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCatata > 2:581127/1‑91 (MQ=255) tCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCatatat > 2:1558021/1‑91 (MQ=255) ccACCCTAATTGATAATACGGAGCCAACTCGTCCACCTCACTTTCTGCAAGAACATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATAtt < 2:1080064/91‑1 (MQ=255) ccACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATAtt > 2:414510/1‑91 (MQ=255) acaataactatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaaaATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATAtt > 1:1973845‑M1/55‑91 (MQ=255) cACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTc < 2:1947076/91‑1 (MQ=255) aCCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCt > 2:1868498/1‑91 (MQ=255) aCCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCt < 2:1724652/91‑1 (MQ=255) cccTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTa > 2:2933029/1‑91 (MQ=255) taattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaaaATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTaa > 1:3408608‑M1/51‑91 (MQ=255) ttatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatatggctctagaaataggtttttcaagagccatATATTCTAAt < 2:2201893‑M2/10‑1 (MQ=255) cTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAAt < 2:2380658/91‑1 (MQ=255) tAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAAtt < 2:78826/91‑1 (MQ=255) ttGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGGTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTtat < 2:2482774/91‑1 (MQ=255) tGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTtata > 2:1242428/1‑91 (MQ=255) gATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATaa > 1:2636541/1‑91 (MQ=255) aTAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAac < 1:1075173/91‑1 (MQ=255) aTAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAac < 1:2516811/91‑1 (MQ=255) tAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAaca > 1:2691934/1‑91 (MQ=255) aaaaCTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTACAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAacac > 2:3467373/1‑91 (MQ=255) aaaCTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACAcc < 1:2036727/91‑1 (MQ=255) aCTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCAt > 1:3267350/1‑91 (MQ=255) gCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACt > 1:1711335/1‑91 (MQ=255) cTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTg > 2:624376/1‑91 (MQ=255) tCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTgg > 1:2384493/1‑91 (MQ=255) ccAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGt < 1:496553/91‑1 (MQ=255) ccAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGt < 2:3579863/91‑1 (MQ=255) aaCTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTAc > 2:3132875/1‑91 (MQ=255) aaCTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTAc > 2:2266199/1‑91 (MQ=255) aaCTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTAc < 1:3638760/91‑1 (MQ=255) aaCTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTAc > 1:3000306/1‑91 (MQ=255) aCTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTCGAAATAGGTTTTTCGAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACa > 2:2549138/1‑91 (MQ=255) aCTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACa > 2:3541178/1‑91 (MQ=255) tCGTCCGCCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACaaa < 2:3697443/91‑1 (MQ=255) cGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAat > 2:3287533/1‑91 (MQ=255) gTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAata < 2:1306893/91‑1 (MQ=255) ccACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAAtatt > 1:1493229/1‑91 (MQ=255) ccACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAAtatt > 1:2081693/1‑91 (MQ=255) cACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAAtatta > 2:2968065/1‑91 (MQ=255) aCCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAAtattat < 2:2707600/91‑1 (MQ=255) aCCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAAtattat > 2:1814418/1‑91 (MQ=255) ccTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATg < 2:1169473/91‑1 (MQ=255) ccTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATg > 1:3276170/1‑91 (MQ=255) ctctctTGCAGTTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGt < 2:3514473/91‑1 (MQ=255) cACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTcc < 1:1171686/91‑1 (MQ=255) cTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAATTAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACATATATTATGTCCAg > 2:2236207/1‑91 (MQ=255) cTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAg < 2:2300021/91‑1 (MQ=255) ttCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGAt < 1:2752534/91‑1 (MQ=255) ttCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGAt > 2:3893329/1‑91 (MQ=255) ttCAATTAGAAAAGGGCTCTAGAAATAGGGTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGAt < 2:65335/91‑1 (MQ=255) tCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATa > 1:1448601/1‑91 (MQ=255) tCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATa > 1:1375654/1‑91 (MQ=255) tCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATa > 1:2317596/1‑91 (MQ=255) ttagaatatatggctcttgaaaaacctatttctagagccat‑T‑TTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatta > 2:1013274‑M2/42‑91 (MQ=255) aTTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatt > 1:405431/1‑91 (MQ=255) aTTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatt > 2:696121/1‑91 (MQ=255) aTTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatt > 2:476993/1‑91 (MQ=255) ttagaatatatggctcttgaaaaacctatttcaagagccATCTTCTAATTTATAACACCATAGTGGTACAAATATTATGTCCAGACAatta > 1:3426121‑M2/40‑91 (MQ=255) ttAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatta < 1:1099854/91‑1 (MQ=255) agaatatATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatta < 2:1290088‑M1/84‑1 (MQ=255) tAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAattat > 2:3800424/1‑91 (MQ=255) tAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAattat > 2:1700031/1‑91 (MQ=255) tAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAattat > 1:3732246/1‑91 (MQ=255) aGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAattatt > 1:1795548/1‑91 (MQ=255) gAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCTTTTTTTTTATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTg > 2:543380/1‑91 (MQ=255) gAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTg > 2:205568/1‑91 (MQ=255) gAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTg < 1:2184790/91‑1 (MQ=255) gAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTg > 1:3510691/1‑91 (MQ=255) tatATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGt < 2:3391915‑M1/88‑1 (MQ=255) aaaTGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTa > 1:2437532/1‑91 (MQ=255) aaaTGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTa > 1:3393597/1‑91 (MQ=255) aaaTGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTa > 2:1477345/1‑91 (MQ=255) gtCTCTAGAAATAAGTTTTACAAGAGACATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAAGATTATGTCCAGATAATTATTGTAGATc > 2:190693‑M1/3‑91 (MQ=255) GGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATc < 1:527887‑M1/91‑1 (MQ=255) GGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATc > 1:56253‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTc < 2:1618862‑M1/91‑1 (MQ=255) tgaaaaacctatttctagagccatATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGAAAATCCTcaaa > 2:3466951‑M2/25‑90 (MQ=255) gAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAAcc < 1:2468784/91‑1 (MQ=255) gAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAAGTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAAcc < 1:3371241/91‑1 (MQ=255) aaaaacctatttctagagccatATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCa > 2:3844397‑M2/23‑91 (MQ=255) aaTAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCaa > 2:3867031/1‑91 (MQ=255) aaacctatttctagagccatATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCATCCAAt > 2:3651939‑M2/21‑91 (MQ=255) aacctatttctagagccatATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATg > 2:342313‑M2/20‑91 (MQ=255) aGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGc > 1:2819365/1‑91 (MQ=255) ggTTTTTCAGGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGcc < 1:3782408/91‑1 (MQ=255) ggTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGcc < 1:1845804/91‑1 (MQ=255) ggTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGcc < 1:2128688/91‑1 (MQ=255) gTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCt > 1:1188978/1‑91 (MQ=255) tttttCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTa < 1:760614/91‑1 (MQ=255) ttttCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTAc > 2:2890168/1‑91 (MQ=255) tttCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACa > 1:2330950/1‑91 (MQ=255) tCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACAtt > 2:2651945/1‑91 (MQ=255) tCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACAtt > 1:81232/1‑91 (MQ=255) ctagagccatATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTa > 1:3126648‑M2/11‑91 (MQ=255) cAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTa < 1:1257418/91‑1 (MQ=255) gagccatATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTacac > 1:66287‑M2/8‑91 (MQ=255) gagccatATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTacac > 1:161756‑M2/8‑91 (MQ=255) atATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTa < 2:2561573‑M2/89‑1 (MQ=255) atatTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTaaa > 1:626884/1‑91 (MQ=255) | TGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAAATCCTCAACCAATGCCTACATTACACGACTAAA > USA300TCH1516_ALE/1870484‑1870663 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |