| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1870541 = | 223 (1.090) | 24 (0.130) | 15/144 | NT | 10.4% | intergenic (‑28/+522) | srkA/dat | Stress response kinase A/D‑alanine aminotransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1870573 = | 213 (1.160) | intergenic (‑60/+490) | srkA/dat | Stress response kinase A/D‑alanine aminotransferase | |||||
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
TGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAA > USA300TCH1516_ALE/1870451‑1870630 | ttagtcgtgtaatgtaggcattggttgaggatttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatata > 1:2376805‑M1/91‑91 (MQ=255) tagtcgtgtaatgtaggcattggttgaggatttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatat < 1:2250743‑M1/2‑1 (MQ=255) tagtcgtgtaatgtaggcattggttgaggatttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatat < 2:2561573‑M1/2‑1 (MQ=255) cACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGct > 2:287556/1‑91 (MQ=255) gtgtaatgtaggcattggttgaggatttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatATGGctc > 1:2176404‑M1/85‑91 (MQ=255) gtgtaatgtaggcattggttgaggatttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatATGGctc > 1:65965‑M1/85‑91 (MQ=255) aCCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGctc < 1:207432/91‑1 (MQ=255) aCCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGctc > 2:3100289/1‑91 (MQ=255) aCCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGctc < 2:3093713/91‑1 (MQ=255) ccAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGctct < 1:1943956/91‑1 (MQ=255) ccAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGctct > 2:1423905/1‑91 (MQ=255) taatgtaggcattggttgaggatttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatATGGCTCTAg > 1:3126648‑M1/82‑91 (MQ=255) gATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGa > 2:1698683/1‑91 (MQ=255) gATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGa < 2:1541511/91‑1 (MQ=255) gCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAAt > 2:1026209/1‑91 (MQ=255) gCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAAt < 1:396937/91‑1 (MQ=255) caccacCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTACTCGACAAAACCGCTCCCACGCGTACACCTCCCTTTCACTTAGAAGATGGCTCTAGACATa > 2:3819533/1‑91 (MQ=255) caccacCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATa > 1:1564531/1‑91 (MQ=255) ccaccTGCTGAATCAAGTGCCCACCCTAATCGATAAAACTGCTCCAGCTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAgg < 2:400837/91‑1 (MQ=255) caccTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGt < 1:515571/91‑1 (MQ=255) caccTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGt < 1:3588198/91‑1 (MQ=255) caccTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAAGt > 2:1730959/1‑91 (MQ=255) cattggttgaggatttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatATGGCTCTAGAAATAGGtt > 2:342313‑M1/73‑91 (MQ=255) cagtgctgAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCACTTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGtt > 2:2686436/4‑91 (MQ=255) accTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGtt < 1:2597900/91‑1 (MQ=255) ccTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGttt < 1:3655913/91‑1 (MQ=255) ccTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGttt < 1:578944/91‑1 (MQ=255) ccTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGttt > 1:1014027/1‑91 (MQ=255) ttggttgaggatttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatATGGCTCTAGGAATAGGtttt > 2:1341773‑M1/71‑91 (MQ=255) ttggttgaggatttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatATGGCTCTAGAAATAGGtttt > 2:3562185‑M1/71‑91 (MQ=255) tggttgaggatttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatATGGCTCTAGAAATAGGttttt > 2:3844397‑M1/70‑91 (MQ=255) ggttgaggatttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTc > 1:2629355‑M1/69‑91 (MQ=255) gctgAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTc > 1:744059/1‑91 (MQ=255) tttgaggattttcaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCa > 2:3466951‑M1/68‑91 (MQ=255) ctgAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCa > 1:830500/1‑91 (MQ=255) tgAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTATTCaa > 2:3642195/1‑91 (MQ=255) ggatttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGc > 2:2319030‑M1/63‑91 (MQ=255) gatttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGcc > 2:1714644‑M1/62‑91 (MQ=255) aaGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCATCTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAATTGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCa < 2:1188891/91‑1 (MQ=25) aaGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCa < 2:306242/91‑1 (MQ=255) tttacaataattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaatatATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCat > 2:755086‑M1/60‑91 (MQ=255) tgtCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCatat < 2:3254001/91‑1 (MQ=255) tgtCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCatat < 1:2831812/91‑1 (MQ=255) tgtCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCatat > 1:2322633/1‑91 (MQ=255) cACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTc < 2:1947076/91‑1 (MQ=255) aCCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAACTAGAACATGGCTCTAGAAATAGGTTCTTCAAGAGCCATATATTCt > 2:1867840/1‑91 (MQ=255) cccTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTa > 2:2933013/1‑91 (MQ=255) taattatctggacataatatttgtaccagtatggtgttataaattagaaaATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTaa > 1:3408608‑M1/51‑91 (MQ=255) ccTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTaa > 2:1667228/1‑91 (MQ=255) tAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAAtt > 1:762198/1‑91 (MQ=255) aTTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTta > 2:1583335/1‑91 (MQ=255) aTTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTta > 1:1837492/1‑91 (MQ=255) gATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATaa > 1:2636541/1‑91 (MQ=255) aTAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAac < 2:188358/91‑1 (MQ=255) tAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAaca < 1:1648058/91‑1 (MQ=255) tAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAaca > 2:1106498/1‑91 (MQ=255) tAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAaca > 1:2691934/1‑91 (MQ=255) aaaaCTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTACAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAacac > 2:3467373/1‑91 (MQ=255) aaaCTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACAcc < 1:2036727/91‑1 (MQ=255) aaaCTGCTCCAACTCGTCCACCTCACCTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGACATACGATTTTCAAGAGCCATATATTCTACTCTATAACAcc > 2:1748506/1‑91 (MQ=255) aCTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCAt > 1:3267350/1‑91 (MQ=255) gCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACt > 1:2093073/1‑91 (MQ=255) tCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTgg > 1:1824572/1‑91 (MQ=255) ccAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGt < 1:1099045/91‑1 (MQ=255) aaCTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTAc > 2:2266206/1‑91 (MQ=255) aaCTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTAc > 2:687946/1‑91 (MQ=255) aCTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTCGAAATAGGTTTTTCGAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACa > 2:2549138/1‑91 (MQ=255) aCTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACa < 2:542223/91‑1 (MQ=255) tCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACaaa < 2:335880/91‑1 (MQ=255) cGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAat < 1:228580/91‑1 (MQ=255) gTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAata > 1:426737/1‑91 (MQ=255) ccACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAAtatt > 1:1493229/1‑91 (MQ=255) cACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAAtatta > 1:3477820/1‑91 (MQ=255) aCCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAAtattat > 2:1217180/1‑91 (MQ=255) aCCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAAtattat < 2:2707600/91‑1 (MQ=255) cTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGt > 2:421685/1‑91 (MQ=255) cTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGt < 2:3514587/91‑1 (MQ=255) cACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTcc < 1:3039595/91‑1 (MQ=255) aCTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCa > 2:2464408/1‑91 (MQ=255) ttCAATTAGAAAATGGCTTTAGAAATAGGTTTTTTAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGAt > 2:3892876/1‑91 (MQ=255) ttCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGAt < 1:2752534/91‑1 (MQ=255) ttCAATTAGAAAAGGGCTCTAGAAATAGGGTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGAt < 2:65335/91‑1 (MQ=255) tCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATa > 1:1375654/1‑91 (MQ=255) tCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATa > 1:1448601/1‑91 (MQ=255) tCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATa > 1:592808/1‑91 (MQ=255) cAATTAGAAAATAGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATaa < 2:559270/91‑1 (MQ=255) attagaatatATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATaa < 2:2202113‑M1/81‑1 (MQ=255) aaTTGGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATA‑TATGTCCAGATAatt < 2:2950736/91‑1 (MQ=255) aaTTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGCTTTTCAAGAGCCACATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATCTTATGTCCCGATaac > 2:3266835/1‑90 (MQ=255) aTTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGCTACAAATATTATGTCCAGATAatt > 2:3686440/1‑91 (MQ=255) ttAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatta > 2:3730974/1‑91 (MQ=255) agaatatATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAatta < 2:1290088‑M1/84‑1 (MQ=255) aatatATGGCTCTTGAAAAACCTATTTCTAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAattatt < 1:2481066‑M1/86‑1 (MQ=255) aGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAattatt > 1:1125766/1‑91 (MQ=255) aGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAattatt < 1:1254714/91‑1 (MQ=255) gAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTg > 2:205568/1‑91 (MQ=255) gAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTACAAGAGACATATATTATAATTTATAACACAATACTGGTACACCTATTATGTCCAGATAATTATTg < 2:603313/91‑1 (MQ=255) aaaaTGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGt < 1:1743142/91‑1 (MQ=255) aaaTGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTa > 1:2437496/1‑91 (MQ=255) aaaTGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATCTCCAGATAATTATTGTa > 1:3391918/1‑91 (MQ=255) | TGCTTCACCAGATGCACCACCTGCTGAATCAAGTGTCCACCCTAATTGATAAAACTGCTCCAACTCGTCCACCTCACTTTCAATTAGAAAATGGCTCTAGAAATAGGTTTTTCAAGAGCCATATATTCTAATTTATAACACCATACTGGTACAAATATTATGTCCAGATAATTATTGTAA > USA300TCH1516_ALE/1870451‑1870630 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |