| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1895575 | 168 (0.820) | 16 (0.090) | 9/142 | NT | 9.0% | intergenic (+27/+95) | putB/ribH | Proline dehydrogenase 2/6,7‑dimethyl‑8‑ribityllumazine synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1895601 | 174 (0.960) | intergenic (+53/+69) | putB/ribH | Proline dehydrogenase 2/6,7‑dimethyl‑8‑ribityllumazine synthase | |||||
GGCATAATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1895477‑1895575‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atttaggagCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACTTAAACCT < USA300TCH1516_ALE/1895601‑1895512 GGCATAATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAA < 2:2411500/91‑1GGCATAATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAA > 1:1762889/1‑91GGCATAATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAA > 1:631120/1‑91GGCATAATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAA > 1:631093/1‑91GGCATAATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAA > 1:3754237/1‑91 CATAATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATT < 2:1291690/91‑1 CATAATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATT < 1:89296/91‑1 AATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAG < 1:100413/91‑1 AATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAG > 2:1379530/1‑91 ATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGG < 1:1029168/91‑1 ATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGG < 2:1505456/91‑1 ATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGG < 1:778185/91‑1 ATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGG < 1:3460572/91‑1 ATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGG < 1:2440495/91‑1 TTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGA < 1:960848/91‑1 TTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGA < 1:2105765/91‑1 TTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGT < 1:1193834/91‑1 TTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATATAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGT < 2:2337912/91‑1 TATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTT < 2:1032657/91‑1 ATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTC < 1:1160487/91‑1 TGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCC < 1:548255/91‑1 TGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCC < 2:1390436/91‑1 TGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCC < 1:2071626/91‑1 TTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAG < 1:1757242/91‑1 TTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCC < 2:606775/91‑1 TTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCT < 2:257171/91‑1 TTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCT < 2:257229/91‑1 TTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCT < 2:526262/91‑1 TTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCT < 1:2930476/91‑1 TAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTA < 2:2986012/91‑1 TAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTA < 2:849622/91‑1 GTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCAAAAT < 2:1311326/91‑1 ATTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTAC < 1:2349493/91‑1 TTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTCCGGCATAATTTTTTATTTGTACT > 2:844402/1‑91 TTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACT < 1:1251914/91‑1 TTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACT > 2:852943/1‑91 TTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACT < 1:1527204/91‑1 TTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACT < 1:2191663/91‑1 TTTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATCATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACT > 2:1761513/1‑91 TTAGGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACTT < 1:902727/91‑1 GGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACTTAAA < 1:3540414/91‑1 GGAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACTTAAA > 1:3755030/1‑91 GAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACTTAAAC > 1:1360320/1‑91 GAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACTTAAAC < 1:3657551/91‑1 GAGCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACTTAAAC < 2:1889685/91‑1 GCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACTTAAACCT > 1:3855121/1‑91 GCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACTTAAACCT > 1:3873610/1‑91 GCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACTTAAACCT < 2:2291802/91‑1 GCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACTTAAACCT > 2:2218911/1‑91 GGCATAATTGCAGCTTTAGGAGCTACAGTTATGTTAGGTTTAAGTACAATTAAAAAATTATGCCGTAAATAGAGCAAGACATAAACAATAATTTAGGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1895477‑1895575‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atttaggagCCTAGAACATTGATTATTGTTCCAGACTCCTAAATTATTGTTTATGTCTTGCTCTATTTACGGCATAATTTTTTAATTGTACTTAAACCT < USA300TCH1516_ALE/1895601‑1895512 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |