| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1901310 = | 177 (0.870) | 18 (0.100) | 9/142 | NT | 10.3% | intergenic (‑306/‑217) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1901351 = | 157 (0.870) | intergenic (‑347/‑176) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR | |||||
TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1901408‑1901310‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAATT > USA300TCH1516_ALE/1901351‑1901440 TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCA > 1:657742/1‑91TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCA > 1:2303581/1‑91TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCA > 1:2276189/1‑91TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCA > 1:657744/1‑91TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCA < 1:1633626/91‑1TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCA < 1:1633454/91‑1TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGCCCA > 1:3119089/1‑91 TAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAA > 2:2040363/1‑91 TAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAA > 2:1095217/1‑91 TAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAA > 2:3590914/1‑91 TAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAA > 1:2942478/1‑91 TAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTATATGGCCAA > 1:3545488/1‑91 TAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTATATGGCCAA > 1:3545699/1‑91 AAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAAT < 1:3054384/91‑1 AAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAAT > 1:946024/1‑91 AAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAAT < 2:2098467/91‑1 AAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAAT > 1:2982056/1‑91 AAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAAT < 1:3713732/91‑1 AAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTACGGCCAAT > 1:1966767/1‑91 AAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTACGGCCAAT > 1:1966850/1‑91 AAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTACGGCCAAT > 1:1966849/1‑91 AAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATC < 2:3215628/91‑1 AAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATC < 2:1606675/91‑1 AGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCA > 1:2383700/1‑91 GATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATGCTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCAC < 1:3371892/91‑1 GATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCAC > 1:591854/1‑91 TAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCT < 1:2854750/91‑1 TAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCT > 1:147576/1‑91 AAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTT < 2:2115965/91‑1 AAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTT > 1:2310621/1‑91 AGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTA > 2:639378/1‑91 GGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTAT > 1:383470/1‑91 GGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTAT > 1:1440491/1‑91 GGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTAT > 1:1440466/1‑91 GTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATC > 2:3806664/1‑91 GTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATC > 2:819995/1‑91 GTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATC > 1:728107/1‑91 GTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATC > 1:728340/1‑91 aATTAGCCATATCTTGAGTGTACGGCAAATCACCTTTTTCAATGCCGAACAAAGAGTCTATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCct > 2:595459/2‑89 ATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTT > 1:2741116/1‑91 ATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTT > 2:2692219/1‑91 ATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTT > 1:1621854/1‑91 ATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTT > 1:1298174/1‑91 TAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATCTTGCAAAATCAATAGCTATAATTTATCTTTAA > 1:3389617/1‑91 AGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAAT > 1:2601680/1‑91 GCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATA > 1:3349504/1‑91 CCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATAC > 1:624247/1‑91 ATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTT > 2:516727/1‑91 AATCACCTTTTTCAATGCATAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAA < 2:927424/91‑1 AATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAA < 2:21271/91‑1 AATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAA > 1:2698771/1‑91 TCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATT < 1:679398/91‑1 TCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATT < 1:1699076/91‑1 TCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATT < 1:1699152/91‑1 TCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATT < 1:1719566/91‑1 TCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATT < 2:2734110/91‑1 TCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATT < 2:2684290/91‑1 CACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCATAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTT > 2:353525/1‑91 CACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTT < 1:3444330/91‑1 CCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAA < 1:1324965/91‑1 CCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAA > 1:2383570/1‑91 CCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTGGCATAATCCATATCTATAATATATCAATATAACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAA > 2:2785669/1‑91 CTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAA < 1:2823118/91‑1 CTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAA < 1:1778885/91‑1 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT < 2:2306529/91‑1 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT < 2:209263/91‑1 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT > 1:2130083/1‑91 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT > 2:1607953/1‑91 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT < 2:635161/91‑1 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT > 1:3832061/1‑91 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT < 2:726667/91‑1 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT < 2:1498427/91‑1 TTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAT > 1:468663/1‑91 TTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAATT > 1:2461530/1‑91 TTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAATT < 1:2839992/91‑1 TTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATATTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAATT > 2:2236738/1‑91 TTAAAGATAAATTATAGATATTGATTTTGCAAAATATACTCTTTGTTCTGCATTGAAAAAGGTGATTAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1901408‑1901310‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAATT > USA300TCH1516_ALE/1901351‑1901440 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |