| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1901310 = | 177 (0.870) | 18 (0.100) | 9/142 | NT | 10.3% | intergenic (‑306/‑217) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1901351 = | 157 (0.870) | intergenic (‑347/‑176) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR | |||||
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
ATTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTT > USA300TCH1516_ALE/1901220‑1901400 | aatttaaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaa > 1:2461530‑M1/91‑91 (MQ=255)aTTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTA < 2:2195168‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAA > 1:3796118‑M1/1‑91 (MQ=255) ttAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAA < 2:1481352‑M1/91‑1 (MQ=255) atttaaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaaa < 2:635161‑M1/2‑1 (MQ=255) atttaaatttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaaa < 2:2306529‑M1/2‑1 (MQ=255) 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tttggttttagtattaaaagggtattaaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttatgcattgaaaAAGGTGAtt < 2:927424‑M1/9‑1 (MQ=255) aTTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTg < 2:2041141/91‑1 (MQ=255) ttAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTgg > 2:1508773/1‑91 (MQ=255) tAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGc < 2:226677/91‑1 (MQ=255) aGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTAAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagcc < 2:2371700‑M1/91‑5 (MQ=255) gTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCa > 2:372920/1‑91 (MQ=255) atAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCGTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCa < 2:2895704/90‑1 (MQ=255) aTTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATac > 1:1902843/1‑91 (MQ=255) ttCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATaca < 1:165791/91‑1 (MQ=255) ttCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATaca < 2:341907/91‑1 (MQ=255) tCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATacac > 2:77534/1‑91 (MQ=255) cTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCACTACTCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACt > 1:2404294/1‑91 (MQ=255) tATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTc > 2:3471312/1‑91 (MQ=255) aTTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCa < 1:1158868/91‑1 (MQ=255) tttATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTggccatatcttgag < 2:2472340‑M1/91‑15 (MQ=255) tttATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCaa > 2:2567635/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |