| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1901310 = | 177 (0.870) | 18 (0.100) | 9/142 | NT | 10.3% | intergenic (‑306/‑217) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1901351 = | 157 (0.870) | intergenic (‑347/‑176) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR | |||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
AAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAATT > USA300TCH1516_ALE/1901261‑1901440 | aCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTc > 2:1537494/1‑91 (MQ=255) cAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCa > 2:728819/1‑91 (MQ=255) aaaGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCaa < 1:2367677/91‑1 (MQ=255) aaGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAAt > 1:1303729/1‑91 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg > 2:926455/1‑91 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg < 2:3602288/91‑1 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg > 2:337551/1‑91 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg < 1:3397448/91‑1 (MQ=255) cttcttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCa > 1:752209/1‑91 (MQ=255) cttcttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCa < 2:3767413/91‑1 (MQ=255) cttcttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCa > 1:1657177/1‑91 (MQ=255) tcttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGa > 1:2225804/1‑91 (MQ=255) tcttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGa > 1:2336811/1‑91 (MQ=255) aTCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACaaa > 1:157075/1‑91 (MQ=255) 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ttGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAttt > 2:1438556/1‑91 (MQ=255) tGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGCTTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCGTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAtttt < 2:2440780/91‑1 (MQ=255) tGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAtttt < 2:3734367/91‑1 (MQ=255) gATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTg < 2:432336/91‑1 (MQ=255) ttACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCa < 2:345019/91‑1 (MQ=255) tACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaa < 2:2654889/91‑1 (MQ=255) tACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaa < 2:2404294/91‑1 (MQ=255) cAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaaa > 2:215632/1‑91 (MQ=255) cAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaaa > 1:2121684/1‑91 (MQ=255) cAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaaa > 1:2877581/1‑91 (MQ=255) cAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaaa > 1:3097898/1‑91 (MQ=255) aaataaatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATc > 1:795197/1‑91 (MQ=255) aatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAatat > 2:3299785/1‑91 (MQ=255) aatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCAAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAatat > 2:3260075/1‑91 (MQ=255) atTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATc > 2:1243007/1‑91 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt > 2:1453731/1‑91 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 1:1260535/91‑1 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 1:490193/91‑1 (MQ=255) tCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCta > 2:1280573/1‑91 (MQ=255) cAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCtat > 2:2922990/1‑91 (MQ=255) aaCTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCtata < 1:2499323/91‑1 (MQ=255) aCTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATaa < 2:474787/91‑1 (MQ=255) tAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACGTTTTTCGATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAAtt < 2:1461436/91‑1 (MQ=255) tAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAAtt < 1:2591322/91‑1 (MQ=255) AAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAAttt < 2:2115965‑M1/91‑1 (MQ=255) aggtgattagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTa > 2:639378‑M2/41‑91 (MQ=255) AGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTa > 1:147576‑M1/1‑91 (MQ=255) ggtgattagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTAt > 1:383470‑M2/40‑91 (MQ=255) ggtgattagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTAt > 1:1440491‑M2/40‑91 (MQ=255) gtgattagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATc > 2:819995‑M2/39‑91 (MQ=255) gtgattagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATc > 1:728107‑M2/39‑91 (MQ=255) gtgattagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATc > 2:3806664‑M2/39‑91 (MQ=255) 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tcaccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAAtt < 1:1699152‑M2/84‑1 (MQ=255) caccttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCATAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAAttt > 2:353525‑M2/7‑91 (MQ=255) ttTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAt < 2:726667‑M2/89‑1 (MQ=255) tTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAtt < 1:2839992‑M2/90‑1 (MQ=255) tTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAtt > 1:2461530‑M2/2‑91 (MQ=255) tTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATATTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAAtt > 2:2236738‑M2/2‑91 (MQ=255) | AAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCAAATTTAAATT > USA300TCH1516_ALE/1901261‑1901440 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |