| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1901318 | 173 (0.850) | 45 (0.250) | 14/142 | NT | 22.5% | intergenic (‑314/‑209) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1901341 | 157 (0.870) | intergenic (‑337/‑186) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ATTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1901220‑1901318‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaggtgattAGCCATATCTTGAGTGTATGGCCAATCACCTTAGTTGAATTTATTTTGTAATCAAGGGTATTGATTAAGAAGCTTTGTTTTTACGACTAA < USA300TCH1516_ALE/1901341‑1901252 TTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATTATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAA > 2:2239126/1‑91 TTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAA > 1:3796099/1‑91 TTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAA > 1:3796118/1‑91 TTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAA < 2:1481352/91‑1 TTAATCTCATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAA < 1:3834446/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |