New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1901318 | 173 (0.850) | 45 (0.250) | 14/142 | NT | 22.5% | intergenic (‑314/‑209) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1901341 | 157 (0.870) | intergenic (‑337/‑186) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
TTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCA > USA300TCH1516_ALE/1901251‑1901430 | tttAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCt > 2:113375/1‑91 (MQ=255) tttAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACAAAGGTGATTGGCCAGACACTCAAGATATGGCt > 1:3385369/1‑91 (MQ=255) tAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaa > 2:852635‑M2/1‑89 (MQ=255) aaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt > 1:2741116‑M1/57‑91 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaat > 1:3198059‑M2/1‑88 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaat > 1:631844‑M2/1‑88 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaat > 1:743355‑M2/1‑88 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaat > 1:2509350‑M2/1‑88 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaat > 1:1590243‑M2/1‑88 (MQ=255) gTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatc < 2:577249‑M2/91‑5 (MQ=255) cGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcac > 1:41372‑M2/1‑85 (MQ=255) gTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcacc > 2:2379691‑M2/1‑84 (MQ=255) taaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCt > 2:639378‑M1/52‑91 (MQ=255) tAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcacct > 2:2424216‑M2/1‑83 (MQ=255) aaaaaacAAAGCTGCTTAATCAATACCCTGGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGGGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcacct > 1:2312937‑M2/2‑83 (MQ=255) aaaaaCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTACGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcacctt < 2:677201‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaaaCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcacctt > 1:1858239‑M2/1‑82 (MQ=255) aaaaaCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcacctt < 2:398072‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaaCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCttt < 2:309992/91‑1 (MQ=255) cAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCa > 2:728819/1‑91 (MQ=255) aaaGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCaa < 1:2367677/91‑1 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg > 2:337551/1‑91 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg < 1:3397448/91‑1 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg < 1:3573893/91‑1 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg > 2:1988389/1‑91 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg < 2:3602288/91‑1 (MQ=255) ttcttAATCAATACCCGTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAg < 2:3037279/91‑1 (MQ=255) tcttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGa > 1:2225804/1‑91 (MQ=255) cttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGaa > 1:2573140/1‑91 (MQ=255) tAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACa < 1:2424562/91‑1 (MQ=255) aTCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACaaa > 2:1327437/1‑91 (MQ=255) cAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAaga < 1:71931/91‑1 (MQ=255) cAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAaga > 1:1115291/1‑91 (MQ=255) aaTACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAagag > 1:2399128/1‑91 (MQ=255) aaTACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACATTTTTCAATGCAGAACAAagag > 2:3184067/1‑91 (MQ=255) tACCCGTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGta < 2:1445789/91‑1 (MQ=255) aCCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGGGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGtat < 2:2457205/91‑1 (MQ=255) cTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAtt < 1:1172041/91‑1 (MQ=255) cTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAtt < 2:2456028/91‑1 (MQ=255) cTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAtt < 2:3316181/91‑1 (MQ=255) cTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAtt < 1:1518090/91‑1 (MQ=255) ttACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCa < 2:345019/91‑1 (MQ=255) tACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaa < 2:2654889/91‑1 (MQ=255) aCAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaa > 1:2246766/1‑91 (MQ=255) cAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaaa > 1:2099743/1‑91 (MQ=255) aaataaatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATc > 1:795197/1‑91 (MQ=255) taaatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAat > 2:3745821/1‑91 (MQ=255) aatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCAAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAatat > 2:3260075/1‑91 (MQ=255) atTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATc > 2:1243007/1‑91 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 1:490193/91‑1 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 1:2591561/91‑1 (MQ=255) gtCAACTGAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 2:2166298/90‑1 (MQ=255) aCTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATaa < 2:474787/91‑1 (MQ=255) tAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACGTTTTTCGATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAAtt < 2:1461436/91‑1 (MQ=255) gATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgac < 1:2863331‑M2/91‑65 (MQ=255) GATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCtt < 2:1606675‑M1/91‑1 (MQ=255) aTTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgact < 1:2611358‑M2/91‑66 (MQ=255) ATTGGCCGTACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCttt > 1:1966850‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCttt < 2:2098467‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCttt < 1:3054384‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCttt > 1:946024‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCttt < 1:3713732‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgacta < 1:834217‑M2/91‑67 (MQ=255) TTGGCCATATACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTa > 1:3545488‑M1/1‑91 (MQ=255) TGGGCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTaa > 1:3119089‑M1/1‑91 (MQ=255) TGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTaa > 1:2303581‑M1/1‑91 (MQ=255) TGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTaa < 1:1633454‑M1/91‑1 (MQ=255) ggCCATACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaaa < 1:2964141‑M2/91‑69 (MQ=255) gCCATACACTCAAGATATGGCTaatcacctcagttgaatttgtctagtaatcaagggtattgattacgaagctttgttattacgactaaca < 2:2873500‑M2/91‑70 (MQ=255) ccATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATAc > 2:1544319/1‑91 (MQ=255) ccATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATAc > 1:3010911/1‑91 (MQ=255) cATACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaaaaat < 1:3884938‑M2/91‑72 (MQ=255) cATACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaaaaat < 2:2690448‑M2/91‑72 (MQ=255) cATACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaaaaat < 1:1949376‑M2/91‑72 (MQ=255) cATACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaaaaat < 1:1777211‑M2/91‑72 (MQ=255) cATACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgcaatctagggtattgattacgaagttttgtttttacgactaaaaat < 2:35754‑M2/91‑72 (MQ=255) cATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATAcc < 1:2698484/91‑1 (MQ=255) cATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATAcc > 1:3357884/1‑91 (MQ=255) aTACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaacaatc < 1:3295411‑M2/91‑73 (MQ=255) aTACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaaaaatc < 2:3666260‑M2/91‑73 (MQ=255) aTACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaaaaatc < 1:1454573‑M2/91‑73 (MQ=255) tACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaaaaatca < 2:3837530‑M2/91‑74 (MQ=255) tACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaaaaatca < 1:1428412‑M2/91‑74 (MQ=255) tACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaaaaatca < 2:2016888‑M2/91‑74 (MQ=255) tACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaaaaatca < 2:431767‑M2/91‑74 (MQ=255) acacTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCtt > 1:364499/1‑91 (MQ=255) cacTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaacttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaaaaatcata < 1:2906194‑M2/91‑76 (MQ=255) cTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaaaaatcataaa < 1:1280061‑M2/91‑78 (MQ=255) cTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTa > 1:2139837/1‑91 (MQ=255) tCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTaa > 2:3553190/1‑91 (MQ=255) aGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATAc > 2:1807397/1‑91 (MQ=255) aGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATAc > 2:776916/1‑91 (MQ=255) gATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACt > 2:1396122/1‑91 (MQ=255) atatGGCTAATCACCTTTTTTATTTTATAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTa > 2:2298250/1‑91 (MQ=255) atGGCTAATCACCTTTTTTTATTTTTTTCAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTaaa > 2:2813321/1‑91 (MQ=255) atGGCTAATCACCTTTTTTATTTTAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATCCCCTTTTAATACTaaa > 2:3773116/1‑91 (MQ=255) atGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTaaa > 2:2565651/1‑91 (MQ=255) ggCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAAc > 1:544166/1‑91 (MQ=255) gCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAAcc < 2:2694234/91‑1 (MQ=255) cTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCTAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCa > 1:1043235/1‑91 (MQ=255) | TTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAATACCCTTTTAATACTAAAACCA > USA300TCH1516_ALE/1901251‑1901430 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |