| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1901318 | 173 (0.850) | 45 (0.250) | 14/142 | NT | 22.5% | intergenic (‑314/‑209) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1901341 | 157 (0.870) | intergenic (‑337/‑186) | USA300HOU_RS09405/sdpR | hypothetical protein/Transcriptional repressor SdpR | |||||
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
CATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAA > USA300TCH1516_ALE/1901228‑1901408 | ttAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTgg > 2:1508656/1‑91 (MQ=255) tAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTATAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAACGTGATTGGc > 2:1225337/1‑91 (MQ=255) attAATTCTATTTATGATTTTTAGTCATAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTAATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGcc < 2:3708239/89‑1 (MQ=255) atAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCGTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCa < 2:2895704/90‑1 (MQ=255) aaTTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATa < 1:3023628/91‑1 (MQ=255) aaTTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATa > 2:162435/1‑91 (MQ=255) ttCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATaca < 1:165791/91‑1 (MQ=255) ttCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATaca > 2:315942/1‑91 (MQ=255) tCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATacac > 2:77534/1‑91 (MQ=255) tATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTc < 1:3691994/91‑1 (MQ=255) tATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTc > 2:3471298/1‑91 (MQ=255) aTTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCa < 1:1158868/91‑1 (MQ=255) tttATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCaa > 2:2567635/1‑91 (MQ=255) ttATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAg > 2:2112392/1‑91 (MQ=255) ttATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAg > 2:2025017/1‑91 (MQ=255) tATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGa < 2:3828811/91‑1 (MQ=255) aTGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgt < 1:2881979‑M1/91‑18 (MQ=255) tGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgta < 2:2016888‑M1/91‑19 (MQ=255) tGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgta < 2:431767‑M1/91‑19 (MQ=255) gATTGTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgtat < 1:3295411‑M1/91‑20 (MQ=255) aTTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCTATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgtatg < 1:3373326‑M1/91‑21 (MQ=255) aTTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgtatg < 1:1949376‑M1/91‑21 (MQ=255) aTTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgtatg < 2:2690417‑M1/91‑21 (MQ=255) aTTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgtatg < 1:3884938‑M1/91‑21 (MQ=255) tttttAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgtatgg < 1:2709720‑M1/91‑22 (MQ=255) tttttAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATgg < 2:2335135/91‑1 (MQ=255) ttttAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGc > 1:625077/1‑91 (MQ=255) tttAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgtatggcc < 1:2964141‑M1/91‑24 (MQ=255) tAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgtatggccaa < 1:834217‑M1/91‑26 (MQ=255) tAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgtatggccaa < 2:3388076‑M1/91‑26 (MQ=255) tAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaa > 2:3959944‑M2/1‑89 (MQ=255) tAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaa > 2:852635‑M2/1‑89 (MQ=255) aaagataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAAt > 2:2692219‑M1/57‑91 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgtatggccaat < 2:1563393‑M1/91‑27 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaat > 1:3198059‑M2/1‑88 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaat > 1:1590243‑M2/1‑88 (MQ=255) aGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaat > 2:2926438‑M2/1‑88 (MQ=255) gTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatc < 2:577858‑M2/91‑5 (MQ=255) gTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatc > 2:3628994‑M2/1‑87 (MQ=255) gTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCGTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCCAGATATGGCTaatc > 2:3602069‑M2/1‑87 (MQ=255) gataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCAc > 1:728107‑M1/54‑91 (MQ=255) cGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcac > 1:41372‑M2/1‑85 (MQ=255) ataaattatagatattgattttgcaaaatatactctttgttctgcattgaaaAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCAcc > 1:1440491‑M1/53‑91 (MQ=255) aaaaaCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcacctt > 1:1858239‑M2/1‑82 (MQ=255) aaaaaCAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcacctt < 2:399127‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTtgccatatcttgagtgtatggccaatcaccttagttga < 2:3362644‑M1/91‑39 (MQ=255) aaaGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttagttga < 1:1817823‑M1/91‑39 (MQ=255) aaGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAAt > 1:1303729/1‑91 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg < 1:3572975/91‑1 (MQ=255) aGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATg < 1:3397448/91‑1 (MQ=255) cttcttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCa > 1:752209/1‑91 (MQ=255) cttcttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCa < 2:3767413/91‑1 (MQ=255) tcttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGa > 1:2336811/1‑91 (MQ=255) cttAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGaa > 1:2573140/1‑91 (MQ=255) tAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACC‑TTTTCAATGCAGAACaa > 1:3601437/1‑91 (MQ=255) tAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATCCATCTAAGGTGATTGGCCATCCACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCACTGCCGcaca > 2:72225/1‑91 (MQ=255) aTCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACaaa > 2:1328247/1‑91 (MQ=255) aaTACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAagag > 1:2399355/1‑91 (MQ=255) aCCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGGGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGtat < 2:2457205/91‑1 (MQ=255) cTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAtt < 2:2456028/91‑1 (MQ=255) cTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAtt < 1:3520796/91‑1 (MQ=255) cTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAtt < 1:1171163/91‑1 (MQ=255) cTTGATTACAAAATAAATTCAACTAACGCGATTGGCAACACAATCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGaatcta > 2:644229/1‑88 (MQ=255) ttGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATAttt > 2:1438556/1‑91 (MQ=255) ttACAAAATAGATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCa < 2:1270491/91‑1 (MQ=255) tACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACC‑TTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaa > 1:1518533/1‑91 (MQ=255) aCAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaa > 2:3482779/1‑91 (MQ=255) aCAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaa > 1:2246766/1‑91 (MQ=255) cAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaaa > 1:1055876/1‑91 (MQ=255) cAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaaa > 1:2121684/1‑91 (MQ=255) cAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaaa > 2:215632/1‑91 (MQ=255) cAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCaaaa > 1:3097898/1‑91 (MQ=255) taaatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAat > 2:3745821/1‑91 (MQ=255) aatTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCAAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAatat > 2:3260075/1‑91 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 1:1247014/91‑1 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 2:2166329/91‑1 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 1:490193/91‑1 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt < 1:2591561/91‑1 (MQ=255) ttCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCt > 2:1453731/1‑91 (MQ=255) tCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCta < 1:2382851/91‑1 (MQ=255) aaCTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCtata < 1:2499323/91‑1 (MQ=255) aCTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATaa < 2:474787/91‑1 (MQ=255) tAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGGTAATCACCTTTTACAATGCAGTACACAGAGTATATGTTGCAAAATCAATATCTATAAtt < 1:3155163/91‑1 (MQ=255) aaGGTGATTagccatatcttgagtgtatggccaatcaccgtagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgttttt < 2:677201‑M1/91‑83 (MQ=255) aaGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagcagctttgttttt < 2:737590‑M2/91‑60 (MQ=255) AAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAAttt > 1:2310621‑M1/1‑91 (MQ=255) aGGTGATTagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgttttta > 2:2424216‑M1/1‑8 (MQ=255) aGGTGATTagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgttttta > 1:2523270‑M1/1‑8 (MQ=255) AGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTa < 1:2854750‑M1/91‑1 (MQ=255) ggTGATTagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttac > 2:3057516‑M1/1‑7 (MQ=255) ggTGATTagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttac > 2:2379691‑M1/1‑7 (MQ=255) gATTagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgac < 2:577249‑M1/91‑88 (MQ=255) aTTagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgact < 1:2000869‑M1/91‑89 (MQ=255) aTTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgact < 1:533001‑M2/91‑66 (MQ=255) aTTGGCCATACACTCAAGATATGGCTaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgact < 1:2611358‑M2/91‑66 (MQ=255) ATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCttt > 1:946024‑M1/1‑91 (MQ=255) tagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaa > 2:1933678‑M1/1‑1 (MQ=255) tagccatatcttgagtgtatggccaatcaccttagttgaatttattttgtaatcaagggtattgattaagaagctttgtttttacgactaa > 1:1913451‑M1/1‑1 (MQ=255) TGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTaa > 1:657744‑M1/1‑91 (MQ=255) TGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTaa < 1:1633626‑M1/91‑1 (MQ=255) | CATTAGTAATTCTATTTATGATTTTTAGTCGTAAAAACAAAGCTTCTTAATCAATACCCTTGATTACAAAATAAATTCAACTAAGGTGATTGGCCATACACTCAAGATATGGCTAATCACCTTTTTCAATGCAGAACAAAGAGTATATTTTGCAAAATCAATATCTATAATTTATCTTTAA > USA300TCH1516_ALE/1901228‑1901408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |