| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1904457 = | 247 (1.210) | 24 (0.130) | 15/146 | NT | 9.8% | coding (239/855 nt) | atl_2 | Bifunctional autolysin |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1904477 = | 217 (1.170) | coding (219/855 nt) | atl_2 | Bifunctional autolysin | |||||
TAAATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGATGCATC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1904553‑1904457‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgcatcATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCATCGTTTAATGTAACATTTAACTTTTCAATCTT > USA300TCH1516_ALE/1904477‑1904566 ttAATGTAACATTTAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGA > 1:1878231/3‑91TAAATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAGACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGA < 2:1982424/91‑1TAAATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGA < 2:2022911/91‑1TAAATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGA < 1:918105/91‑1TAAATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGA < 2:3846113/91‑1TAAATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGA < 2:3846346/91‑1 AAATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGAT > 2:2069574/1‑91 AAATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGAT > 1:791185/1‑91 AAATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGAT > 1:2721869/1‑91 AAATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGAT > 1:2721480/1‑91 AATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGATG > 2:3129589/1‑91 AATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGATG > 1:2068851/1‑91 ATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGATGC > 2:3233709/1‑91 ATGTTACATTAAACGATGCAGCAAAGAAACAAATAAATAATTATACGAGTCAACAGGTATCAAATAAAAAGAATGATGCATGGAGAGATGC < 2:1780009/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |