New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1904457 = | 247 (1.210) | 24 (0.130) | 15/146 | NT | 9.8% | coding (239/855 nt) | atl_2 | Bifunctional autolysin |
? | USA300TCH1516_ALE | 1904477 = | 217 (1.170) | coding (219/855 nt) | atl_2 | Bifunctional autolysin |
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
AAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCATCGTTTAATGTAACATTTAACTTTTCAATCTT > USA300TCH1516_ALE/1904387‑1904566 | aaaTTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGcatca < 2:1408266/91‑1 (MQ=255) cattaaacgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatGATGCATCTCTCCATGCATCAtt > 1:619307‑M1/69‑91 (MQ=255) tGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCt > 1:1666435/1‑91 (MQ=255) gATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCtt < 1:3204726/91‑1 (MQ=255) atatTTTTGCTTTTTATTATCGTTAAAAGTACCCATATTTATTGCACTTTTAATTTCATTTGCAGATGCATCTTTCCGTGTATCATTCttt > 2:2913438/1‑91 (MQ=255) tatTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCtttt > 1:624510/1‑91 (MQ=255) tatTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCtttt < 2:3055774/91‑1 (MQ=255) cgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTa > 1:2113051‑M1/62‑91 (MQ=255) tGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGATGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTg < 2:1658215/91‑1 (MQ=255) ttttCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATa < 2:3490940/91‑1 (MQ=255) ttttCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATa < 2:2158071/91‑1 (MQ=255) tcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaataatgatgcatctctccatgcatcATTCTTTTTATTTGATa < 2:3923495‑M2/17‑1 (MQ=255) tttCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATAc < 1:2469309/91‑1 (MQ=255) tCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCt < 2:935500/91‑1 (MQ=255) aTCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGa > 1:3795018/1‑91 (MQ=255) aTCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGa > 1:850745/1‑91 (MQ=255) aTCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGa > 2:590531/1‑91 (MQ=255) tacaaGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCACCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGCCTCGt > 2:3172261/4‑91 (MQ=255) tAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGt > 1:3530455/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCAACATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGt < 1:2641300/91‑1 (MQ=255) tAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCAACATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGt < 1:1489057/91‑1 (MQ=255) aaaaGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGta < 1:2021427/91‑1 (MQ=255) aaGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGtata > 1:395490/1‑91 (MQ=255) aGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATaa < 2:2798268/91‑1 (MQ=255) attatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatGATGCATGGAGAGATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAatt < 1:1817215‑M1/56‑1 (MQ=255) aCCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAatta > 1:389411/1‑91 (MQ=255) aCCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAatta < 1:1620671/91‑1 (MQ=255) aCCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAAATGAATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTGGTATAatta < 2:1125295/91‑1 (MQ=255) ccGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAattat > 2:1211999/1‑91 (MQ=255) ccGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAattat > 2:2313508/1‑91 (MQ=255) cGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAattatt > 1:3382349/1‑91 (MQ=255) cTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAAttattta < 2:3074782/91‑1 (MQ=255) cTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAAttattta < 2:2392434/91‑1 (MQ=255) tATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAAttatttat > 2:1147620/1‑91 (MQ=255) tATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAAttatttat > 2:2075308/1‑91 (MQ=255) tATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAAttatttat < 2:2847956/91‑1 (MQ=255) tATCCATTGCACTTTTAATATCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAAttatttat > 2:3457708/1‑91 (MQ=255) aTCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATtatttatt < 1:1342708/91‑1 (MQ=255) aTCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATtatttatt > 1:2283538/1‑91 (MQ=255) aTCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATtatttatt < 2:3133947/91‑1 (MQ=255) tCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTatttattt < 2:1277989/91‑1 (MQ=255) ccATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTg < 1:3133292/91‑1 (MQ=255) ccATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCGCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATCATTATTTATTTg < 2:3173600/91‑1 (MQ=255) cATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGt < 2:3886023/91‑1 (MQ=255) cATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGt < 2:454419/91‑1 (MQ=255) aTTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGtt > 2:84737/1‑91 (MQ=255) ttGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGttt < 2:1734230/91‑1 (MQ=255) ttGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTACTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTTTTTGttt > 2:1437979/1‑91 (MQ=255) gCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCt > 1:3021896/1‑91 (MQ=255) aCTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCACCTCTCCAGTCATCATTCTTTTTATTCGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCttt < 2:2263146/91‑1 (MQ=255) cTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTtg > 1:3270061/1‑91 (MQ=255) cTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTtg < 2:150575/91‑1 (MQ=255) tttAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTtgct > 1:3619142/1‑91 (MQ=255) tAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTtgctgc < 1:371049/91‑1 (MQ=255) tAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTtgctgc < 1:42737/91‑1 (MQ=255) tAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTtgctgc < 1:1540722/91‑1 (MQ=255) tAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTtgctgc > 1:3429/1‑91 (MQ=255) tAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTtgctgc > 1:2140926/1‑91 (MQ=255) aaTTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCa > 1:1967614/1‑91 (MQ=255) aaTTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCa < 1:2488070/91‑1 (MQ=255) aTTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGTATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCAt < 1:722639/91‑1 (MQ=255) aTTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCAt < 1:2780052/91‑1 (MQ=255) 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gTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCATCGTTTa > 2:2290842/1‑91 (MQ=255) aagaatgatgcatggagagatgcatcATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCATCGTTTa > 1:1706510‑M2/27‑91 (MQ=255) gCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCATCGTTTAATg > 1:2736936/1‑91 (MQ=255) aatgatgcatggagagatgcatcATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCATCGTTTAATg > 1:619325‑M2/24‑91 (MQ=255) cAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCATCGTTTAATGt > 2:1619425/1‑91 (MQ=255) cAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCATCGTTTAATGt > 2:902532/1‑91 (MQ=255) cAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCATCGTTTAATGt < 2:1981062/91‑1 (MQ=255) atgatgcatggagagatgcatcATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCATCGTTTAATGt > 2:560143‑M2/23‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |