| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1904457 = | 247 (1.210) | 24 (0.130) | 15/146 | NT | 9.8% | coding (239/855 nt) | atl_2 | Bifunctional autolysin |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1904477 = | 217 (1.170) | coding (219/855 nt) | atl_2 | Bifunctional autolysin | |||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
TGATACTTTGATAAATCTAAAAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTTGCTGCATCGTTTAATGTAA > USA300TCH1516_ALE/1904367‑1904547 | tGATACTTTGATAAATCTAAAAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAg > 1:2734331/1‑91 (MQ=255)aagattgaaaagttaaatgttacattaaacgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatg < 1:2837644‑M1/1‑1 (MQ=255) agaatgaaaagttaaatgttacattaaacgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatga > 2:933456‑M1/90‑91 (MQ=255) gattgaaaagttaaatgttacattaaacgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatgat < 2:562881‑M1/3‑1 (MQ=255) aTACTTTGATAAATCTAAAAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGAt > 1:3427164/1‑91 (MQ=255) attgaaaagttaaatgttacattaaacgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatgatg < 1:110270‑M1/4‑1 (MQ=255) attgaaaagttaaatgttacattaaacgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatgatg < 1:390010‑M1/4‑1 (MQ=255) aCTTTGATAAATCTAAAAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGc > 1:3490312/1‑91 (MQ=255) aCTTTGATAAATCTAAAAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGc > 2:3703309/1‑91 (MQ=255) tgaaaagttaaatgttacattaaacgatgcagcaaagaaaccaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatGATGCa > 2:3482438‑M1/86‑91 (MQ=255) tgaaaagttaaatgttacattaaacgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatGATGCa > 1:88106‑M1/86‑91 (MQ=255) ttGATAAATCTAAAAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCAtc < 2:1731792/91‑1 (MQ=255) ttGATAAATCTAAAAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCAtc < 2:2193691/91‑1 (MQ=255) ttGATAAATCTAAAAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCAtc > 2:3142971/1‑91 (MQ=255) gATAAATCTAAAAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCAtctc < 1:1589723/91‑1 (MQ=255) aaTCTAAAAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCa < 2:2981800/91‑1 (MQ=255) tCTAAAAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATg > 1:3363775/1‑91 (MQ=255) agtgttacatgaaccgatgccgcaaagaaacaagtaaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagcatGATGCATCTCTCCATg > 2:188583‑M1/76‑91 (MQ=255) cTAACAAGTGATATTTTTGCTTTGCATTATCGATAAAAGGACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGc < 2:3502452/91‑1 (MQ=255) tAAAAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGca < 2:3085657/91‑1 (MQ=255) tAAAAATTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGca < 2:2897078/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGcat < 2:1475802/91‑1 (MQ=255) ttacattaaacgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatGATGCATCTCTCCATGcatc > 1:1810440‑M1/72‑91 (MQ=255) tacattaaacgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatGATGCATCTCTCCATGcatca > 1:2485430‑M1/71‑91 (MQ=255) acattaaacgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatGATGCATCTCTCCATGcatcat > 1:258588‑M1/70‑91 (MQ=255) cattaaacgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatGATGCATCTCTCCATGCATCAtt > 1:619307‑M1/69‑91 (MQ=255) aTTGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCAtt < 1:3102371/91‑1 (MQ=255) ttGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTc < 2:619784/91‑1 (MQ=255) tGATATTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCt > 1:1666435/1‑91 (MQ=255) taaacgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatGATGCATCTCTCCATGCATCATTCtt > 1:1706510‑M1/66‑91 (MQ=255) atatTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCttt < 2:1420933/91‑1 (MQ=255) tatTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCtttt < 2:2750592/91‑1 (MQ=255) tatTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTACACTTTTAATCTCAGTTGCAGATGCATCCCTCCATGCATCATTCtttt > 2:1180683/1‑91 (MQ=255) atTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCttttt > 2:3066326/1‑91 (MQ=255) atTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCttttt < 1:414221/91‑1 (MQ=255) atTTTTGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCttttt < 1:2861493/91‑1 (MQ=255) cgatgcagcaaagaaacaaataaataattatacgagtcaacaggtatcaaataaaaagaatGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTa > 1:2113051‑M1/62‑91 (MQ=255) tGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTg < 2:2367865/91‑1 (MQ=255) tGCTTTTCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTg > 1:894184/1‑91 (MQ=255) ttttCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATa < 2:3172504/91‑1 (MQ=255) tttCATTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATAc < 2:424061/91‑1 (MQ=255) aTTATCGATAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGt > 2:2302325/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTCATACCTGTTGACTCGt > 2:3172220/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCAACATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGt < 1:1488976/91‑1 (MQ=255) tAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCAACATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGt < 1:2641300/91‑1 (MQ=255) tAAAAGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCAGCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGt < 2:1382009/91‑1 (MQ=255) aaaaGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGta < 1:2021427/91‑1 (MQ=255) aaaaGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGta > 1:2072058/1‑91 (MQ=255) aaGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGtata > 2:3827673/1‑91 (MQ=255) aaGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGtata < 2:3023857/91‑1 (MQ=255) aGTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATaa < 2:2798268/91‑1 (MQ=255) gTACCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAat < 2:777904/91‑1 (MQ=255) aCCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAatta < 1:1620671/91‑1 (MQ=255) aCCGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAatta < 1:3580454/91‑1 (MQ=255) ccGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAattat > 2:1212276/1‑91 (MQ=255) ccGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAattat > 2:2313636/1‑91 (MQ=255) cGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAattatt > 1:3448797/1‑91 (MQ=255) cGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAattatt < 1:2446873/91‑1 (MQ=255) cGCTATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAattatt < 1:3844586/91‑1 (MQ=255) tATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAAttatttat > 2:2075308/1‑91 (MQ=255) tATCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAAttatttat < 2:2847956/91‑1 (MQ=255) tCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTatttattt < 2:1277989/91‑1 (MQ=255) tCCATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTatttattt < 2:255258/91‑1 (MQ=255) ccATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTCATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTg > 2:3912228/1‑91 (MQ=255) cATTGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGt > 2:708456/1‑91 (MQ=255) ttGCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGttt < 1:3184642/91‑1 (MQ=255) gCACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCt > 1:3021896/1‑91 (MQ=255) cACTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCtt < 1:3638838/91‑1 (MQ=255) cTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTtg < 2:150575/91‑1 (MQ=255) cTTTTAATTTCAGTTGCAGATGCATCTCTCCATGCATCATTCTTTTTATTTGATACCTGTTGACTCGTATAATTATTTATTTGTTTCTTtg > 1:3270061/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |