| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1939382 | 168 (0.820) | 18 (0.100) | 11/142 | NT | 10.7% | intergenic (‑241/+122) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1939405 | 151 (0.840) | intergenic (‑264/+99) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF | |||||
TTTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1939284‑1939382‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccaatcaacGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTTTG < USA300TCH1516_ALE/1939405‑1939316 TTTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAAC > 1:1088893/1‑91TTTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAAC > 1:13915/1‑91 TTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACC < 2:719283/91‑1 TTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACC > 1:650899/1‑91 TATAGAAATGTTGTTGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCA > 2:3748596/1‑91 TATAGAAATGTTGTTGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCA > 2:3748973/1‑91 TATAGAAATGTTGTTGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCA > 2:1776183/1‑91 TATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTCATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCA < 1:1455351/91‑1 TATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCA > 1:3413472/1‑91 ATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAA > 1:3093750/1‑91 ATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAA > 1:3322316/1‑91 ATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAA > 2:3945133/1‑91 ATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAA > 2:487808/1‑91 ATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAA > 2:1188681/1‑91 ATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAA > 1:1379012/1‑91 ATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAAAGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAA < 2:2030197/91‑1 TAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAATTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAAT < 1:1574374/91‑1 TAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAAT > 2:3126522/1‑91 TAGAAATGTTGTAGCTTGCAAATGCTTTCAAACTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAAT < 1:3379306/91‑1 TAGAAATGTTGTAGCTTACAAATGCTTTCAAATTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATAGATAAATAAAACCAAT < 1:3379315/91‑1 TAGAAATGTTGTAGCTTACAAATGCTTTCAAACTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAAT < 1:3380652/91‑1 aggAATGTTGTAGCTGTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATC < 2:1525112/88‑1 AGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATC > 1:3837363/1‑91 GAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCA < 1:336707/91‑1 GAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCA < 2:2603065/91‑1 AATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAAC > 1:1124861/1‑91 AATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAAC > 2:539850/1‑91 AATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAAC > 2:519854/1‑91 AATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAAC > 2:539942/1‑91 AATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAAC > 1:1737263/1‑91 AATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATCCATACATAAATAAAACCAATCAAC > 2:3685498/1‑91 AAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACGATTGATTTTCACCA < 1:3175140/91‑1 AATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGATTTTCACCAA < 1:76102/91‑1 AATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGATTTTCACCAA < 1:2459687/91‑1 TTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAA < 1:2510336/91‑1 TCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATT < 1:889320/91‑1 CAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTG < 2:2375069/91‑1 AAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATTAAACCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGT < 2:3606701/91‑1 AAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAGCCAATCTGCGATTGATTTTCACCAACTCAATTGT < 2:1524290/91‑1 AAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGT < 2:1958313/91‑1 AAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGT < 1:3809955/91‑1 AAAATCATTTAGATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGT < 2:1524289/91‑1 AAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTT < 1:2193399/91‑1 AAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTT < 1:243605/91‑1 ATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAGCCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGA < 2:3633186/91‑1 TCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGAT < 2:269494/91‑1 TCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGAT < 2:270496/91‑1 TTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGT < 1:15697/91‑1 CATAAATAAAACCAATCAACAATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATT > 1:1876805/1‑91 AAATCCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATA < 1:3065447/91‑1 CCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAA > 1:3077258/1‑91 CCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAA < 2:2928235/91‑1 CCAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAA < 2:2928305/91‑1 CAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAAT > 2:1183210/1‑91 CAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAAT > 1:3943636/1‑91 CAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAAT < 1:376898/91‑1 CAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAAT < 1:376537/91‑1 CAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAAT > 1:2600192/1‑91 CAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAAT < 2:2107096/91‑1 CAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAAT < 2:2108192/91‑1 CAATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAAT > 1:3011396/1‑91 AATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATG > 2:656107/1‑91 AATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATG > 2:1815299/1‑91 AATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATG > 1:156175/1‑91 AATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATG < 1:3087842/91‑1 AATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATG > 1:3125659/1‑91 AATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATG > 2:697110/1‑91 AATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATG > 1:1435571/1‑91 AATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGCTTTATTTATGTATGACGGAACAACTGTTTGACATCATTAAGAATATAAATG > 2:464650/1‑91 ATCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGA > 2:429849/1‑91 TCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGAT > 1:3920119/1‑91 TCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGAT > 1:850138/1‑91 TCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGAT < 1:2269088/91‑1 TCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGAT < 1:2131888/91‑1 TCAACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGAT > 1:1938386/1‑91 AACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTT > 2:2755879/1‑91 AACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTT > 2:3577629/1‑91 AACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTT > 1:2250701/1‑91 AACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTT > 1:2250273/1‑91 AACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTAATTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATAT‑AATGATTTT > 1:2250803/1‑91 ACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTct < 2:2717882/91‑3 ACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTTT < 2:438163/91‑1 ACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTTT < 2:727783/91‑1 ACGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGAGTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTTT < 2:246592/91‑1 CGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTTTG > 2:823561/1‑91 CGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTTTG > 1:605525/1‑91 CGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTTTG < 1:1181324/91‑1 CGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTTTG < 1:1181204/91‑1 CGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTTTG < 1:1181189/91‑1 TTTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1939284‑1939382‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccaatcaacGATTGATTTTCACCAACTCAATTGTTGATTGGTTTTATTTATGTATGAATGAACAACTTTTTGACATCATTAAGAATATAAATGATTTTG < USA300TCH1516_ALE/1939405‑1939316 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |