| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1939382 | 168 (0.820) | 18 (0.100) | 11/142 | NT | 10.7% | intergenic (‑241/+122) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1939405 | 151 (0.840) | intergenic (‑264/+99) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF | |||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
AATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTT > USA300TCH1516_ALE/1939292‑1939472 | aaTGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAAC > 2:539850‑M1/1‑91 (MQ=255) gttgtAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAAt < 2:2812754/91‑1 (MQ=255) ttgtAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGCTGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAAtt > 2:3054441/1‑91 (MQ=255) ttgtAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAAtt < 1:3821594/91‑1 (MQ=255) tAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAg < 1:843287/91‑1 (MQ=255) tAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAg > 2:3778008/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |