| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1939382 | 168 (0.820) | 18 (0.100) | 11/142 | NT | 10.7% | intergenic (‑241/+122) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1939405 | 151 (0.840) | intergenic (‑264/+99) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF | |||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTTATAGTATATTTTGTCAGGATTGGGTGAATGTCTA > USA300TCH1516_ALE/1939315‑1939495 | tCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAaatcaatc < 2:3534793/91‑1 (MQ=255) cAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCg < 1:1181324‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgt < 2:727783‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgtt > 2:2755879‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgtt > 1:2250701‑M2/1‑88 (MQ=255) aTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCgttga < 1:2269088‑M2/91‑6 (MQ=255) 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cataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATaaa > 2:1168650/1‑91 (MQ=255) cataAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATaaa < 1:3918177/91‑1 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATg > 2:798404/1‑91 (MQ=255) taaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATg > 2:24071/1‑91 (MQ=255) aaataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgt < 2:1142366/91‑1 (MQ=255) aataaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgtt < 1:821437/91‑1 (MQ=255) taaaACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttag > 1:1458595/1‑91 (MQ=255) gaaaaCCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATgttag < 2:3920952/90‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |