| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1946068 = | 207 (1.020) | 12 (0.070) | 5/142 | NT | 6.4% | intergenic (+119/+355) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1946105 = | 165 (0.910) | intergenic (+156/+318) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
AGACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGAATGGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1946166‑1946068‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggaatggttAAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACACGCA > USA300TCH1516_ALE/1946105‑1946194 AGACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCG > 1:1020230/1‑91AGACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCG > 1:2953611/1‑91AGACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCG < 2:2838289/91‑1AGACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCG > 2:2982859/1‑91AGACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCG > 2:2983107/1‑91AGACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCG > 2:3095510/1‑91AGACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGACAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCG > 1:1021313/1‑91 GACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCACCTTGCCAAAGTTAATGCGG > 2:140119/1‑91 GACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGG > 1:857735/1‑91 GACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGG > 2:410135/1‑91 ACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGA > 1:1528586/1‑91 ACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGA > 1:1212731/1‑91 ACGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCCGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGCTAATGCGGA > 2:604780/1‑91 CGACATGCGCGAACATGTCGTCTAAGCAAGCCAAACGCTGGCTTCTAAAATATTTTTTTAACCATTCCAACTTGCCAAAGTTAATGCGGAA > 1:1441849/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |