| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1946068 = | 207 (1.020) | 12 (0.070) | 5/142 | NT | 6.4% | intergenic (+119/+355) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1946105 = | 165 (0.910) | intergenic (+156/+318) | USA300HOU_RS09665/USA300HOU_RS15380 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
AGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGGCTTGCTTAGACGACATGTTCGCGCATGTCGTCTTATTTTTACATTTATATAATAACACGCA > USA300TCH1516_ALE/1946015‑1946194 | aGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑a > 1:3795052/1‑91 (MQ=255)aGCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑a < 2:2290404/91‑1 (MQ=255) gCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑aa > 1:3899391/1‑91 (MQ=255) gCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑aa > 1:3080952/1‑91 (MQ=255) gCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑aa > 1:2705078/1‑91 (MQ=255) gCCCATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑aa > 2:3138320/1‑91 (MQ=255) cccATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑aaa < 2:2032937/91‑1 (MQ=255) cccATAATATATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑aaa < 1:2680246/91‑1 (MQ=255) ataataTATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGAGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑aaaaaa < 2:2864834/91‑1 (MQ=255) aataTATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAAAGGTT‑AAAAACat > 2:1485749/1‑91 (MQ=255) aataTATTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCAGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAat < 2:1583002/91‑1 (MQ=255) atatatTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAata > 2:1083071/1‑91 (MQ=255) atatTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATAtt > 1:2152282/1‑91 (MQ=255) tatTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATAttt > 1:2965735/1‑91 (MQ=255) taatAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGAGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATAttt < 2:2049063/88‑1 (MQ=255) atTAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATAtttt < 1:3620178/91‑1 (MQ=255) ttAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTa > 2:2680462/1‑91 (MQ=255) ttAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTa > 2:1594688/1‑91 (MQ=255) ttAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTa > 1:1739811/1‑91 (MQ=255) tAAAACGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTAg < 2:2166473/91‑1 (MQ=255) aaCGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTAGAAg > 1:2465001/1‑91 (MQ=255) aCGTCATTTTTATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTAGAAGc > 2:2376188/1‑91 (MQ=255) 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tttttATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGt < 2:3582361/91‑1 (MQ=255) ttttATTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGtt < 1:2784233/91‑1 (MQ=255) aTTTCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGgc < 2:3114391/91‑1 (MQ=255) tttCAATTAGCGGAACATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATACTTTAGAAGCCAGCGTTTGgct > 2:2146231/1‑91 (MQ=255) tttCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGgct < 2:1859845/91‑1 (MQ=255) tttCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGgct < 1:2003622/91‑1 (MQ=255) tCAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGgcttg > 1:1272909/1‑91 (MQ=255) cAATTAGCGGAAAATAAAAAAACCATTCCGCATTAACTTTGGCAAGTTGGAATGGTT‑AAAAAAATATTTTAGAAGCCAGCGTTTGgcttgc < 2:1169895/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |