| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1967716 = | 182 (0.890) | 13 (0.070) | 6/146 | NT | 7.3% | intergenic (+48/+76) | traP/USA300HOU_RS09810 | Signal transduction protein TRAP/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1967758 = | 165 (0.890) | intergenic (+90/+34) | traP/USA300HOU_RS09810 | Signal transduction protein TRAP/hypothetical protein | |||||
GAAACATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1967812‑1967716‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑attacat‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCG > USA300TCH1516_ALE/1967758‑1967847 GAAACATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGA < 1:1129873/91‑1GAAACATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGA > 1:1566204/1‑91GAAACATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGA > 1:1566749/1‑91GAAACATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGA < 2:3704218/91‑1GAAACATTATTACAAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGA > 2:1982428/1‑91 AAACATTATTACGAGACTAAAAAGCTTGCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGAT < 2:3222067/91‑1 AAACATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGAT < 2:1705509/91‑1 AAACATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGAT < 2:3309819/91‑1 AACATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATT > 2:2450603/1‑91 ACATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTA < 2:3315344/91‑1 ACATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTA < 2:225194/91‑1 CATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTAC > 1:2009721/1‑91 CATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTAC > 1:43390/1‑91 CATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTAC < 2:3170735/91‑1 ATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACA > 1:2849246/1‑91 ATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACA > 1:2849338/1‑91 ATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACA > 1:3705007/1‑91 TTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT > 1:353713/1‑91 TTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT < 2:3210070/91‑1 TTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT > 1:1718171/1‑91 GTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT‑‑GCGCCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCC > 1:3345137/1‑91 GTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCC > 1:1532336/1‑91 GTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCC > 2:2843785/1‑91 GTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT‑‑GAACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCACGTAATAATGTTTCC > 2:1070574/1‑91 TTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCT > 2:2653130/1‑91 TGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTG > 1:3548935/1‑91 GAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGc > 2:1884357/1‑90 GAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGA > 2:3069996/1‑91 ACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATA > 1:1916701/1‑91 GCCAAATGATACGGCGTTCAACATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATAT > 1:2891103/1‑91 GCCAAATGATACGGCGTTCAACATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATAT > 1:3495576/1‑91 GCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACATTAGCATCTATACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATA > 1:2091086/1‑91 CAAATGATACGGCGTTCAACATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTT > 2:1820930/1‑91 ATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTC > 1:1010236/1‑91 ATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTC > 2:880943/1‑91 ATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTC > 1:3900050/1‑91 ATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTC > 1:3900025/1‑91 ATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTC > 1:3843038/1‑91 ATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTC > 1:3782594/1‑91 ATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTACTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTC < 1:3131734/91‑1 ATTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTACTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTC < 1:3131916/91‑1 TTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACCTGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCT < 1:3647394/91‑1 TTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCT < 2:147446/91‑1 TTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCT < 2:147060/91‑1 TTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCT < 1:1869590/91‑1 TTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCT < 1:843925/91‑1 TTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCT < 1:772044/91‑1 TTACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCT > 2:2001376/1‑91 TACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTA > 2:1657467/1‑91 TACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTA < 2:3625754/91‑1 TACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTA > 2:3452848/1‑91 ACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAA > 1:2676352/1‑91 ACAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAA > 2:3753196/1‑91 CAT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAAT < 2:426783/91‑1 AT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATC > 1:2823014/1‑91 AT‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATC < 1:870722/91‑1 T‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTCGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCG > 1:3331789/1‑91 T‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCG > 2:2817678/1‑91 T‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCG > 2:2397863/1‑91 T‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCG > 2:3813491/1‑91 T‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCG < 2:833969/91‑1 T‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCG > 1:1869051/1‑91 GAAACATTATTACGAGACTAAAAAACTTCCATTGGCATGTATGTTGTAAAGGTGCATGTAATGTTGAACGCCAAATGATACGGCGTTC‑AGATTACAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1967812‑1967716‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑attacat‑‑GCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAATGTTTCCTGATATTTCAACTTTTTAATAATACTTCTAATCG > USA300TCH1516_ALE/1967758‑1967847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |