| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1967716 = | 182 (0.890) | 13 (0.070) | 6/146 | NT | 7.3% | intergenic (+48/+76) | traP/USA300HOU_RS09810 | Signal transduction protein TRAP/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1967758 = | 165 (0.890) | intergenic (+90/+34) | traP/USA300HOU_RS09810 | Signal transduction protein TRAP/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TTCAAGTTATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCACCTTTACAACATACATGCCAATGGAAGTTTTTTAGTCTCGTAATAA > USA300TCH1516_ALE/1967626‑1967806 | ttCAAGTTATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTaa < 2:78003/91‑1 (MQ=255)ttCAAGTTATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTaa < 1:807386/91‑1 (MQ=255)cgattagaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgca > 2:3813491‑M1/91‑91 (MQ=255)cgattagaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgca > 2:2817678‑M1/91‑91 (MQ=255) tCAAGTTATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAAt < 1:1348820/91‑1 (MQ=255) gattagaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcAt > 1:2823014‑M1/90‑91 (MQ=255) gattagaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcAt < 1:870722‑M1/2‑1 (MQ=255) cAAGTTATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATg > 2:1963910/1‑91 (MQ=255) attagaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATg < 2:426783‑M1/3‑1 (MQ=255) aaGTTATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGt < 2:1966208/91‑1 (MQ=255) aaGTTATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGt < 1:3723590/91‑1 (MQ=255) tagaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTa > 2:3452848‑M1/87‑91 (MQ=255) aGTTATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTa < 2:1250461/91‑1 (MQ=255) gTTATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTaa > 2:2359085/1‑91 (MQ=255) agaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTaa < 1:1869590‑M1/6‑1 (MQ=255) agaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTaa < 2:147446‑M1/6‑1 (MQ=255) agaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcaggtatgttgtaaaggtgcATGTaa < 1:3647394‑M1/6‑1 (MQ=255) gaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagagtaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAAt < 1:3131734‑M1/7‑1 (MQ=255) gaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAAt > 1:3900050‑M1/85‑91 (MQ=255) gaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAAt > 1:1010236‑M1/85‑91 (MQ=255) gaagtattattaaaaagttgaaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAAt > 2:880943‑M1/85‑91 (MQ=255) tATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATc > 2:735931/1‑91 (MQ=255) tATTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATc < 2:1333413/91‑1 (MQ=255) aTTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCt > 1:1655844/1‑91 (MQ=255) aTTTTGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGACTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCt > 1:630711/1‑91 (MQ=255) ttttGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑g < 2:2113351/91‑1 (MQ=255) tttGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAGCTTCCATTGGTTATGCTGTTAATGTATAGATGCTAATGTAATCT‑Ga < 1:3134150/91‑1 (MQ=255) ttGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATTCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑gtc < 2:3890212/91‑3 (MQ=255) ttGAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑Gaa < 1:2670278/91‑1 (MQ=255) gAAAGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACg < 2:2587725/91‑1 (MQ=255) aaGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGcc < 1:3811632/91‑1 (MQ=255) aGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCg > 2:1407825/1‑91 (MQ=255) aGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCg < 1:3007380/91‑1 (MQ=255) aGATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCg < 1:3006457/91‑1 (MQ=255) gATATCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGt < 1:2292930/91‑1 (MQ=255) tCTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCa < 1:2395043/91‑1 (MQ=255) cTATACCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCAt < 2:1279313/91‑1 (MQ=255) tataCCCAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCAtt < 1:3190642/91‑1 (MQ=255) aaatatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAATGTTGAACGCCGTATCATTTg > 2:1820930‑M1/65‑91 (MQ=255) atatcaggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAATGTTGAACGCCGTATCATTTGGc > 1:3495576‑M1/63‑91 (MQ=255) cAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGt < 1:3606657/91‑1 (MQ=255) cAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGt < 2:377729/91‑1 (MQ=255) cAATAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGt < 2:2020398/91‑1 (MQ=255) aTAAAAGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGCTGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTc > 2:274225/1‑91 (MQ=255) aggaaacattattacgagactaaaaaacttccattggcatgtatgttgtaaaggtgcATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCaa > 2:2653130‑M1/58‑91 (MQ=255) aaaGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCC‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAAc < 1:1100937/91‑1 (MQ=255) aaGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACa < 1:3959940/91‑1 (MQ=255) aGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACAt < 2:3710861/91‑1 (MQ=255) aGAATAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACAt < 1:1264251/91‑1 (MQ=255) aaTAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTa > 2:2213546/1‑91 (MQ=255) aTAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTAc > 2:3626995/1‑91 (MQ=255) tAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACa < 1:1840981/91‑1 (MQ=255) tAGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACa > 1:3053214/1‑91 (MQ=255) aGATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACAt > 2:3188552/1‑91 (MQ=255) gATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATg > 2:918573/1‑91 (MQ=255) gATTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATg < 1:2688651/91‑1 (MQ=255) aTTCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGc > 1:1495750/1‑91 (MQ=255) ttCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCa < 2:579979/91‑1 (MQ=255) ttCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCa > 1:1571162/1‑91 (MQ=255) ttCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCa > 2:1184432/1‑91 (MQ=255) ttCGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCa < 2:2847942/91‑1 (MQ=255) cGAAGAAAACTTCCATTGGTTATGCTGTTAACGTATAGATGCTAATGTAATCT‑GAACGCCGTATCATTTGGCGTTCAACATTACATGCAcc > 2:2476002/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |