| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1970888 = | 209 (1.030) | 25 (0.140) | 13/142 | NT | 11.6% | intergenic (+77/‑656) | USA300HOU_RS09825/USA300HOU_RS09830 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1970925 = | 197 (1.090) | intergenic (+114/‑619) | USA300HOU_RS09825/USA300HOU_RS09830 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
AATCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1970986‑1970888‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtcatctcTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAATTGAT > USA300TCH1516_ALE/1970925‑1971014 AATCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAAT > 2:3007711/1‑91AATCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAAT > 2:2884159/1‑91 atcgCTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATG < 1:3558281/87‑1 aaCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATG < 2:1184585/89‑1 ATCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATG > 1:856684/1‑91 ATCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATG < 2:1256507/91‑1 ATCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATG < 2:36205/91‑1 ATCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATG > 2:804726/1‑91 ATCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATG > 2:2729716/1‑91 TCACTACAAACAGTGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATAAGAGTTATAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGT < 2:3283229/91‑1 TCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGT > 2:2729447/1‑91 TCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGT > 2:1452167/1‑91 TCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGT < 1:2361232/91‑1 TCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGT > 2:2725557/1‑91 TCACCACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTACTGT > 1:3117206/1‑91 CACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTC > 1:1872720/1‑91 CACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTC > 2:727293/1‑91 CACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTC < 2:2382926/91‑1 ACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCA > 2:2655394/1‑91 ACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCA > 2:2872152/1‑91 CTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCAT > 2:2991691/1‑91 CTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCAT > 1:2622986/1‑91 CTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCAT > 1:1856474/1‑91 CTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCAT > 2:292622/1‑91 TACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATC < 1:1735893/91‑1 ACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATATGTTCAATTGAGTTCTAAAAAAGAGTTGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCT > 2:1950533/1‑91 ACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCT < 1:2845436/91‑1 CAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTC < 2:1864484/91‑1 CAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTC > 1:3524302/1‑91 CAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTC < 1:2914516/91‑1 TAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTCCTAATGTCATCCCTTTTTTAAAAATCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGTTGACA > 1:1484597/1‑91 AAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTG > 1:1221008/1‑91 AGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTCTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTT > 2:3255349/1‑91 AGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCGAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTT > 2:2235806/1‑91 AGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCCAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTT > 2:2237414/1‑91 AGAGATGACAAGAAATATCCAATTTCCAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTT > 2:2235580/1‑91 GAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTG > 1:2430028/1‑91 GAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTG > 1:2430123/1‑91 GATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTA > 1:727076/1‑91 GATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTA > 1:3005284/1‑91 ATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAG > 1:1630458/1‑91 TGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGT > 2:875421/1‑91 TGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGT > 1:2049520/1‑91 TGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGT > 2:1582701/1‑91 GACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTG > 1:747064/1‑91 ACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAGCTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGA > 2:3418379/1‑91 ACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGA > 2:2364279/1‑91 ACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGA > 2:2756697/1‑91 AAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATT > 1:2486369/1‑91 AAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATT > 2:1165822/1‑91 AGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTT > 2:3473660/1‑91 AGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTT > 2:2712906/1‑91 AAATATCTAATTTCT‑‑TGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGACCTTATGTTTACAACTTATAGGAAGACATTGTTTGTATTGATTTTCGC > 2:2409584/1‑91 AAATATCTAATTTCT‑‑TGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGC > 1:2564577/1‑91 TCTAATTTCTAATGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTA > 1:198838/1‑91 ttcgTGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAAATTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATAT < 2:2739712/87‑1 TGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTAT < 1:1709947/91‑1 TGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTAT < 1:1709935/91‑1 TGTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACCTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGCTTGTAGTGATTTTCGCTTCCCTCATATTTAT > 2:3615525/1‑91 GTCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATG < 2:3167486/91‑1 TCATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGA < 1:275860/91‑1 CATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAA > 2:953642/1‑91 CATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAA < 1:227006/91‑1 CATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAA > 2:2119253/1‑91 CATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAA > 2:2119187/1‑91 CATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAA < 2:1281565/91‑1 CATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAA > 1:740871/1‑91 tTCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAAT < 2:3929781/90‑1 ATCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAAT > 2:2193792/1‑91 TCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAATT < 2:2914688/91‑1 TCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAATT > 1:568783/1‑91 TCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAATT > 1:569046/1‑91 TCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAATT > 1:569079/1‑91 TCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAATT < 2:1115921/91‑1 TCTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAATT > 2:1904773/1‑91 CTCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAATTG < 1:2559734/91‑1 TCTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAATTGA > 1:1288086/1‑91 CTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAATTGAT < 2:637961/91‑1 CTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAATTGAT > 2:2562716/1‑91 CTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAATTGAT < 1:1728677/91‑1 AATCACTACAAACAATGTCTTCCTATAATTTGTAAACATAAGTTCATTTGAGTTTTAAAAAAGAGATGACAAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1970986‑1970888‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtcatctcTTTTTTAAAACTCAAATGAACTTATGTTTACAAATTATAGGAAGACATTGTTTGTAGTGATTTTCGCTTAAATCATATTTATGAATTGAT > USA300TCH1516_ALE/1970925‑1971014 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |