| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1970896 | 206 (1.010) | 14 (0.080) | 9/142 | NT | 6.9% | intergenic (+85/‑648) | USA300HOU_RS09825/USA300HOU_RS09830 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1970915 | 197 (1.090) | intergenic (+104/‑629) | USA300HOU_RS09825/USA300HOU_RS09830 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
AAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGAGATGACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1970798‑1970896‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gagatgacaAGAAATATCTAATTTCTAATGTCATCTCGTTTATTTGGCATTTAATTTTAAAAAATAAATATGCTGTTACTAATAAAAATAGTTGTGATC < USA300TCH1516_ALE/1970915‑1970826 AAATTTCTAAGTAGCAGGTTATGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACG < 1:1422732/91‑1AAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACG > 1:1244082/1‑91AAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACG > 1:1244615/1‑91AAATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACG < 2:2572408/91‑1 AATTTCTAAGTAGCAGGTTACGTTCTCGATCACAACTATTTTTATTAGTAACAGCATATTTATTTTTTAAAATTAAATGCCAAATAAACGA > 1:1410103/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |