| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1980876 | 169 (0.830) | 17 (0.100) | 6/140 | NT | 10.0% | intergenic (‑118/+61) | USA300HOU_RS09865/USA300HOU_RS09870 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1980902 | 158 (0.890) | intergenic (‑144/+35) | USA300HOU_RS09865/USA300HOU_RS09870 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
ACAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1980777‑1980876‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagcgatgTAACACACCTGTTTCGAGAGGTGAGGCATCGCTTTTTGTATGTAAACTAATAATAAATTGAGCAGAAAGTGAAATGATTAATGAATTAAA < USA300TCH1516_ALE/1980902‑1980813 ACAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA > 1:1195432/1‑91ACAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA < 1:270537/91‑1ACAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA > 2:2151238/1‑91ACAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA > 1:1596576/1‑91ACAACATAGTTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAA > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |