| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1980876 | 169 (0.830) | 17 (0.100) | 6/140 | NT | 10.0% | intergenic (‑118/+61) | USA300HOU_RS09865/USA300HOU_RS09870 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1980902 | 158 (0.890) | intergenic (‑144/+35) | USA300HOU_RS09865/USA300HOU_RS09870 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
TTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTAATTCTTCTTTAGCATT > USA300TCH1516_ALE/1980786‑1980966 | ttATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATG > 1:3196325‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGcc < 2:2154971/91‑1 (MQ=255) aTTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGcc > 2:3266878/1‑91 (MQ=255) aTTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGcc < 2:1002029/91‑1 (MQ=255) ttCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCt < 1:1527007/91‑1 (MQ=255) tCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTc > 1:2764430/1‑91 (MQ=255) tCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTc > 1:2034814/1‑91 (MQ=255) ttATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCAcc < 2:3601776/91‑1 (MQ=255) ttAGACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAATCGATGCCTCAcc < 1:3059093/91‑1 (MQ=255) ataCCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACctc < 2:2069382/91‑1 (MQ=255) ataCCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACctc > 1:1633964/1‑91 (MQ=255) ataCCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAATTTAAAAAAAAAAAGCGATGCCTCACctc < 2:3844706/91‑1 (MQ=255) ccACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCg > 2:3462563/1‑91 (MQ=255) ccACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTGCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCg < 2:1104949/91‑1 (MQ=255) cACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGa < 1:567465/91‑1 (MQ=255) cACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGa < 1:2179781/91‑1 (MQ=255) aCTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGaa > 2:1303211/1‑91 (MQ=255) aCTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGaa > 1:3957288/1‑91 (MQ=255) cTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGaaa > 2:3711142/1‑91 (MQ=255) tatttttTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAACGCGCTGCCTCACCTCTCGAAACAGgtgt > 2:2875542/1‑91 (MQ=255) tatttttTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGgtgt > 2:307616/1‑91 (MQ=255) tatttttTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGgtgt > 2:2462630/1‑91 (MQ=255) atttttTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGgtgtg > 2:2285340/1‑91 (MQ=255) ttttttAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGgtgtgt > 1:2443042/1‑91 (MQ=255) ttttttAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGgtgtgt < 1:2083391/91‑1 (MQ=255) tttttAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGtt > 2:257789/1‑91 (MQ=255) tttttAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGtt < 1:1574366/91‑1 (MQ=255) ttttAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgagg < 2:3725442‑M1/91‑27 (MQ=255) ttttAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTa < 2:1500280/91‑1 (MQ=255) ttAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggca < 1:1293590‑M1/91‑29 (MQ=255) atgctaaagaagaattagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACa > 2:1159482‑M1/54‑91 (MQ=255) atgccaaagaagaattagtaagtatctaggcctatatacttttaacaagtgatAAATGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACa > 2:753777‑M1/54‑91 (MQ=255) aaTTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatc < 1:2806692‑M1/91‑31 (MQ=255) ttCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAATAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgc > 2:2945505‑M2/1‑85 (MQ=255) tCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgct > 2:1916948‑M2/1‑84 (MQ=255) cATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgctt > 1:2310945‑M2/1‑83 (MQ=255) aTTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgcttt < 2:1434698‑M2/91‑10 (MQ=255) ttAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgctttt > 2:1957018‑M2/1‑81 (MQ=255) tCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTtttatta < 2:2058567/91‑1 (MQ=255) tCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTtttatta < 2:3151021/91‑1 (MQ=255) tttCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTtttattattt < 2:1179918/91‑1 (MQ=255) tagtacatatctaggcctatatacttttaataaataatAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTtttattattt > 1:2904310‑M1/39‑91 (MQ=255) aCTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTtttattatttatta > 1:3771103/1‑91 (MQ=255) aCTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTtttattatttatta > 2:2783217/1‑91 (MQ=255) cTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTaa > 1:1119933/1‑91 (MQ=255) cTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTaa < 1:70428/91‑1 (MQ=255) tttCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTaaa < 1:254683/91‑1 (MQ=255) ttCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTaaaa < 1:3703133/91‑1 (MQ=255) tCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAg < 1:85706/91‑1 (MQ=255) tCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAg > 1:3809748/1‑91 (MQ=255) cTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGt > 2:2107165/1‑91 (MQ=255) tGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGta < 2:669449/91‑1 (MQ=255) tGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGta < 2:65721/91‑1 (MQ=255) tGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGta > 1:316673/1‑91 (MQ=255) tGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGta < 2:1674537/91‑1 (MQ=255) cAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGtatata < 2:3166742/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAg > 1:2591500/1‑91 (MQ=255) aaTTTATTACTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAg > 1:1970580/1‑91 (MQ=255) tttATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGc < 1:3532469/91‑1 (MQ=255) ttattaGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAg > 2:86009/1‑91 (MQ=255) ttattaGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAg > 1:1699328/1‑91 (MQ=255) ttaGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTCTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGata > 2:3548806/1‑91 (MQ=255) taGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGatat > 2:1697839/1‑91 (MQ=255) aGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATg < 1:3394580/91‑1 (MQ=255) gTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGt > 2:399216/1‑91 (MQ=255) gTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGt > 2:3379305/1‑91 (MQ=255) tttACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTa < 1:1728240/91‑1 (MQ=255) tttACATACAAAAAGCGATGCCACACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTa < 2:276665/91‑1 (MQ=255) tacatacaAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACt < 1:3712734/91‑1 (MQ=255) cgtacaAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTaa < 2:1788656/89‑1 (MQ=255) catacaAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTaa < 2:1905675/91‑1 (MQ=255) atacaAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTAAt < 1:2270236/91‑1 (MQ=255) caAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTAAttct > 1:3610556/1‑91 (MQ=255) caAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTAAttct > 1:3330309/1‑91 (MQ=255) aaaaGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaa > 1:2753482‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaaGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaa < 2:3338132‑M1/91‑82 (MQ=255) aaaaGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaa < 1:3904079‑M1/91‑82 (MQ=255) aaaGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaat < 1:1217713‑M1/91‑83 (MQ=255) aaGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatg < 1:2310658‑M1/91‑84 (MQ=255) aaGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatg < 2:1393139‑M1/91‑84 (MQ=255) aGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatga > 1:1775179‑M1/1‑7 (MQ=255) aGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatga > 2:660574‑M1/1‑7 (MQ=255) aGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatga > 1:751901‑M1/1‑7 (MQ=255) aGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatga > 2:2538450‑M1/1‑7 (MQ=255) aGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatga > 1:2870606‑M1/1‑7 (MQ=255) aGCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatga < 1:512472‑M1/91‑85 (MQ=255) gCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatgaa > 1:2532164‑M1/1‑6 (MQ=255) gCGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatgaa > 2:3684828‑M1/1‑6 (MQ=255) GCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTAATTCTTCTTTa < 2:1650569‑M1/91‑1 (MQ=255) cGATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatgaat > 2:15607‑M1/1‑5 (MQ=255) cGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatgaat < 1:2769218‑M2/91‑61 (MQ=255) gATGtaacacacctgtttcgagaggtgaggcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatgaatt < 2:1908009‑M1/91‑88 (MQ=255) GATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTAATTCTTCTTTAGc < 1:979935‑M1/91‑1 (MQ=255) aTGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatgaatta < 1:492306‑M2/91‑63 (MQ=255) tGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatgaattaa < 2:882696‑M2/91‑64 (MQ=255) tGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatgaattaa < 1:1775701‑M2/91‑64 (MQ=255) tGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTAcatcgctttttgtatgtaaactaataataaattgagcagaaagtgaaatgattaatgaattaa < 2:159607‑M2/91‑64 (MQ=255) TGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTAATTCTTCTTTAGCAt < 1:1037569‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTAATTCTTCTTTAGCAtt < 1:632268‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTAATTCTTCTTTAGCAtt > 1:1318952‑M1/1‑91 (MQ=255) | TTATTCATTATACCACTATTTTTATTTTTTAATTCATTAATCATTTCACTTTCTGCTCAATTTATTATTAGTTTACATACAAAAAGCGATGCCTCACCTCTCGAAACAGGTGTGTTACATCGCTTTTATTATTTATTAAAAGTATATAGGCCTAGATATGTACTAATTCTTCTTTAGCATT > USA300TCH1516_ALE/1980786‑1980966 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |