| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2021453 = | 159 (0.780) | 12 (0.070) | 6/140 | NT | 7.1% | intergenic (+12/+248) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2021493 = | 174 (0.980) | intergenic (+52/+208) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase | |||||
ATTATTTAAGTAGAGTACTGCCAGCAATTAATTGTTTTTTATTTTATAATAGCATTAAAATATGCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2021552‑2021453‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctccgcataTTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTAT > USA300TCH1516_ALE/2021493‑2021582 ATTATTTAAGTAGAGTACTGCCAGCAATTAATTGTTTTTTATTTTTTTTTAGCATTAAAATATGCGTAGTCTACTTATTTTTAAATTGCTT > 2:3794461/1‑91 TATTTAAGTAGAGTACTGCCAGCAATTAATTGTTTTTTATTTTATAATAGCATTAAAATATGCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCT < 2:1676116/91‑1 ATTTAAGTAGAGTACTGCCAGCAATTAATTGTTTTTTATTTTATAATAGCATTAAAATATGCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTC < 1:3896850/91‑1 ATTTAAGTAGAGTACTGCCAGCAATTAATTGTTTTTTATTTTATAATAGCATTAAAATATGCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTC > 1:2739842/1‑91 ATTTAAGTAGAGTACTGCCAGCAATTAATTGTTTTTTATTTTATAATAGCATTAAAATATGCGGAGACTACTTATCGATAAAGAGCTTCTC > 1:1957309/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/2021552‑2021453‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctccgcataTTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTAT > USA300TCH1516_ALE/2021493‑2021582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |