New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2021453 = | 159 (0.780) | 12 (0.070) | 6/140 | NT | 7.1% | intergenic (+12/+248) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2021493 = | 174 (0.980) | intergenic (+52/+208) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase |
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
AAATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTAC > USA300TCH1516_ALE/2021363‑2021543 | atagactattagtcctattaaatgccctttattctttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaat > 2:341656‑M1/91‑91 (MQ=255) aaTATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTA < 1:2079271‑M1/91‑1 (MQ=255) atatGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTAT > 1:3667280‑M1/1‑91 (MQ=255) atatGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTAT > 1:2696161‑M1/1‑91 (MQ=255) atatGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTAT < 1:2371366‑M1/91‑1 (MQ=255) agactattagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaatat < 1:1100442‑M1/3‑1 (MQ=255) agactattagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaatat < 2:741815‑M1/3‑1 (MQ=255) tatGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATG < 2:1280692‑M1/91‑1 (MQ=255) gactattagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATg > 2:3628535‑M1/88‑91 (MQ=255) atGTACTATTCGCATATGGAGCTTAAAGATAATAAGCGTAATATGCACAAACAACCACAATTTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGC > 2:1966504‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCG > 1:2841450‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCG > 2:1131187‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCG > 1:1282580‑M1/1‑91 (MQ=255) tGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCG < 2:1517252‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 1:362220‑M2/91‑2 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 2:630676‑M2/91‑2 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGA‑AAGTAGtc > 2:2739300‑M2/1‑89 (MQ=255) atttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctc > 2:244002‑M1/58‑91 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccg < 1:1492847‑M1/91‑27 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccg > 2:179626‑M2/1‑85 (MQ=255) taagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGc > 1:2251156‑M1/55‑91 (MQ=255) tGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgc > 2:1332545‑M2/1‑84 (MQ=255) 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cATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtttt > 1:2878007/1‑91 (MQ=255) cATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtttt > 2:1734377/1‑91 (MQ=255) tatGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTaa < 1:3322697/91‑1 (MQ=255) atGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAAt > 1:882917/1‑91 (MQ=255) atGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAAt > 1:2316900/1‑91 (MQ=255) gCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGc < 2:2676576/91‑1 (MQ=255) gCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGc < 1:139926/91‑1 (MQ=255) gCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGc < 2:1048429/91‑1 (MQ=255) cacaAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCt < 1:1143256/91‑1 (MQ=255) caaacaaCCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtat > 2:2935976/1‑91 (MQ=255) acaacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtattat < 2:1757893/91‑1 (MQ=255) aacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataa < 2:1160402/91‑1 (MQ=255) aacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataa < 2:3916370/91‑1 (MQ=255) aacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataa < 2:201665/91‑1 (MQ=255) aacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataa < 1:1254275/91‑1 (MQ=255) aacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataa < 2:2499050/91‑1 (MQ=255) 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aCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTACGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCa < 2:2636826/91‑1 (MQ=255) ctctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAg > 2:253432/1‑91 (MQ=255) ctctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAg < 2:3235742/91‑1 (MQ=255) ctctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTACGCATATTTTAATGCTAGTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAg > 1:1349193/1‑91 (MQ=255) tctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGt < 2:44143/91‑1 (MQ=255) tctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGt > 1:3401392/1‑91 (MQ=255) tctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGt < 1:1939667/91‑1 (MQ=255) tctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGt < 2:3397370/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |