| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021462 | 164 (0.810) | 13 (0.070) | 8/140 | NT | 7.6% | intergenic (+21/+239) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021482 | 174 (0.980) | intergenic (+41/+219) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase | |||||
AAATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2021363‑2021462‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatgcggagaCTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCATTATCT < USA300TCH1516_ALE/2021482‑2021393 AAATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATT < 1:1372179/91‑1 AATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTA < 1:2079308/91‑1 AATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTA < 1:2079271/91‑1 AATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTA > 2:1304116/1‑91 AATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTA < 1:2919383/91‑1 AATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTA < 1:1721305/91‑1 ATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTAT > 1:936960/1‑91 ATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTAT < 1:2371366/91‑1 ATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTAT > 1:2696161/1‑91 ATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTAT > 1:1996400/1‑91 ATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTAT > 1:315381/1‑91 ATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTAT > 1:3667280/1‑91 TATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATG < 2:1280692/91‑1 TATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATG < 1:2295676/91‑1 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AAATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2021363‑2021462‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatgcggagaCTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCATTATCT < USA300TCH1516_ALE/2021482‑2021393 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |