| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021462 | 164 (0.810) | 13 (0.070) | 8/140 | NT | 7.6% | intergenic (+21/+239) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021482 | 174 (0.980) | intergenic (+41/+219) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase | |||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
AAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACT > USA300TCH1516_ALE/2021392‑2021572 | aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 2:630676‑M2/91‑2 (MQ=255) tatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtct > 2:861593‑M1/59‑91 (MQ=255) atttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctc > 2:2113599‑M1/58‑91 (MQ=255) ttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCg > 1:783270‑M1/56‑91 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccg > 2:179626‑M2/1‑85 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccg < 2:3587545‑M2/91‑7 (MQ=255) taagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttatgatagcattaagaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGc > 2:2559324‑M1/55‑91 (MQ=255) taagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGc > 1:1310334‑M1/55‑91 (MQ=255) tGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgc > 1:2021862‑M2/1‑84 (MQ=255) tGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgc > 1:3411870‑M2/1‑84 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgca < 2:782074‑M2/91‑9 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgca < 2:583809‑M2/91‑9 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATGATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgca > 2:3686144‑M2/1‑83 (MQ=255) aGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcat < 2:761568‑M2/91‑10 (MQ=255) aGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcat < 1:2806921‑M2/91‑10 (MQ=255) cGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCatat > 2:1179837/1‑91 (MQ=255) gTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtt > 1:45449/1‑91 (MQ=255) tCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAttt < 2:2778596/91‑1 (MQ=255) tCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAttt > 1:1924915/1‑91 (MQ=255) cATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtttt > 2:1734377/1‑91 (MQ=255) tatGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTaa < 1:549804/91‑1 (MQ=255) tatGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTaa < 1:3359031/91‑1 (MQ=255) atGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAAt > 1:2316900/1‑91 (MQ=255) gCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGc < 1:139926/91‑1 (MQ=255) gCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGc < 2:2676546/91‑1 (MQ=255) cacaAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCt < 1:1144264/91‑1 (MQ=255) cacaAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCt < 2:1106407/91‑1 (MQ=255) acaacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtattat < 2:1757893/91‑1 (MQ=255) caacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATtat‑a > 2:98553/1‑91 (MQ=255) aacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTat‑aa < 2:2499050/91‑1 (MQ=255) acaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTat‑aaaata > 1:1133301/1‑91 (MQ=255) caAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTat‑aaaataa < 2:3224969/91‑1 (MQ=255) taCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACaa < 2:1503316/91‑1 (MQ=255) aCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACaat > 1:2421919/1‑91 (MQ=255) aCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACATTATCGATAAGTATTCTCAGCATATTTTAATGATATTAT‑AAAATAAAAAACaat > 2:3301061/1‑91 (MQ=255) aCAATTTTAAAAACTCTTAAGTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACaat < 2:3895564/91‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACaatt < 2:3729425/91‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACaatt < 2:1675087/91‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACaatt > 1:1501491/1‑91 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACaatt < 2:682005/91‑1 (MQ=255) aaTTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACaatta > 1:3765341/1‑91 (MQ=255) aTTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACaattaa > 1:3658409/1‑91 (MQ=255) ttttAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACaattaat < 1:1009772/91‑1 (MQ=255) tttAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACaattaatt > 2:2445862/1‑91 (MQ=255) ttAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTg < 2:1950888/91‑1 (MQ=255) aaaaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATGAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTg < 2:3122817/91‑1 (MQ=255) aaaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTgg < 1:3543607/91‑1 (MQ=255) aaaCTCGTAGGTATGATGAGAAGCACATTATCAATAAGTAGTCTCCGGATATTTTAATGATATAAT‑AAAAAAAAAAACAATTAATTGCTgg < 2:201091/91‑1 (MQ=255) aaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGc > 1:937164/1‑91 (MQ=255) aaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGc < 2:28220/91‑1 (MQ=255) ctctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTACGCATATTTTAATGCTAGTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAg > 1:1349193/1‑91 (MQ=255) tctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGt < 2:812826/91‑1 (MQ=255) tctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGt > 1:3401392/1‑91 (MQ=255) tctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGt < 1:1939667/91‑1 (MQ=255) tctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGt < 2:44143/91‑1 (MQ=255) ttAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTAc > 2:1941620/1‑91 (MQ=255) ttAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTAc < 2:2685485/91‑1 (MQ=255) tAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTAct < 1:265857/91‑1 (MQ=255) tAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTAct < 1:47286/91‑1 (MQ=255) aTTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTActct < 2:1374794/91‑1 (MQ=255) TATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTAc > 1:118513‑M1/1‑91 (MQ=255) TATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTAc < 2:1403675‑M1/91‑1 (MQ=255) ATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTCTTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACt < 2:3481118‑M1/91‑1 (MQ=255) TGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACtt < 2:498289‑M1/91‑1 (MQ=255) TGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACtt > 2:3410447‑M1/1‑91 (MQ=255) GCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTa > 2:2333642‑M1/1‑91 (MQ=255) GCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTa > 1:2582337‑M1/1‑91 (MQ=255) cGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcat < 1:2231004‑M2/91‑66 (MQ=255) CGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTaa < 2:1038839‑M1/91‑1 (MQ=255) CGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTaa > 1:3925499‑M1/1‑91 (MQ=255) GGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTaaa > 1:2168135‑M1/1‑91 (MQ=255) gagaAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgccgctcatta < 1:1232399‑M2/91‑68 (MQ=255) gagaAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcatta < 1:1820453‑M2/91‑68 (MQ=255) GAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAaat > 1:2739842‑M1/1‑91 (MQ=255) GAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAaat < 1:3896850‑M1/91‑1 (MQ=255) aGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAataata > 2:2947895/1‑91 (MQ=255) gCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAT‑AAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAAtaataa < 1:589529/91‑1 (MQ=255) cACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatcttta < 1:1279674‑M2/91‑74 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |